Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers.
Nucleosome dynamics define transcriptional enhancers.
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DOI：
10.1038/ng.545
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发表时间：
2010-04
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Liu, X. Shirley
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He, Housheng Hansen;Meyer, Clifford A.;Shin, Hyunjin;Bailey, Shannon T.;Wei, Gang;Wang, Qianben;Zhang, Yong;Xu, Kexin;Ni, Min;Lupien, Mathieu;Mieczkowski, Piotr;Lieb, Jason D.;Zhao, Keji;Brown, Myles;Liu, X. Shirley
染色质在真核生物基因调控中起着重要作用。我们对表观遗传标记的核小体进行了全基因组定位，以确定它们在转录起始位点附近和远端调控元件（包括增强子）的位置。在雄激素受体（AR）主要与增强子结合的前列腺癌细胞中，我们发现雄激素治疗消除了AR结合位点上方的中央核小体，该核小体两侧是一对标记的核小体。一种新的定量模型建立在这样的核小体对的行为正确识别的区域绑定的监管机构的立即雄激素反应，包括AR和FoxA1。更重要的是，该模型还正确预测了长时间雄激素刺激后存在的其他转录因子（包括Oct1和NKX3.1）的新结合位点。因此，增强子结构的定量建模提供了一个强大的预测方法来推断参与细胞对特定刺激的反应的转录因子的身份。
Chromatin plays a central role in eukaryotic gene regulation. We have performed genome-wide mapping of epigenetically-marked nucleosomes to determine their position both near transcription start sites and at distal regulatory elements including enhancers. In prostate cancer cells where androgen receptor (AR) binds primarily to enhancers, we found that androgen treatment dismisses a central nucleosome present over AR binding sites that is flanked by a pair of marked nucleosomes. A novel quantitative model built on the behavior of such nucleosome pairs correctly identified regions bound by the regulators of the immediate androgen response including AR and FoxA1. More importantly this model also correctly predicted novel binding sites for other transcription factors present following prolonged androgen stimulation including Oct1 and NKX3.1. Thus quantitative modeling of enhancer structure provides a powerful predictive method to infer the identity of transcription factors involved in cellular responses to specific stimuli.
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DOI：
10.1073/pnas.091062498
发表时间：
2001-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Tusher, VG;Tibshirani, R;Chu, G
通讯作者：
Chu, G
影响因子：
14.9
作者：
Beato, M;Eisfeld, K
通讯作者：
Eisfeld, K
影响因子：
11.2
作者：
Asatiani, E;Huang, WX;Gelmann, EP
通讯作者：
Gelmann, EP
TransFac及其模块移植：真核生物中的转录基因调节。
影响因子：
14.9
作者：
Matys V;Kel-Margoulis OV;Fricke E;Liebich I;Land S;Barre-Dirrie A;Reuter I;Chekmenev D;Krull M;Hornischer K;Voss N;Stegmaier P;Lewicki-Potapov B;Saxel H;Kel AE;Wingender E
通讯作者：
Wingender E
影响因子：
--
作者：
Liu, Wenwen;Zhang, Pengju;Jiang, Anli
通讯作者：
Jiang, Anli