MLPAinter for MLPA interpretation: an integrated approach for the analysis, visualisation and data management of Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification.
MLPAinter for MLPA interpretation: an integrated approach for the analysis, visualisation and data management of Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2105-11-67
复制
发表时间：
2010-01-29
影响因子：
3
通讯作者：
Oosting J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Eijk R;Eilers PH;Natté R;Cleton-Jansen AM;Morreau H;van Wezel T;Oosting J
多重连接依赖的探针扩增(MLPA)是一种可用于在一次实验中检测多条染色体异常的应用。在一次反应中，可以分析多达50种不同的基因组序列。对于可靠的工作流程，需要行政支助、数据管理、正常化、可视化、报告和解释等工具。在这里，我们开发了一个用于MLPA解释的数据管理系统MLPAInter，它是Windows可执行的，并有一个独立的数据库，用于监测和解释从实验设置产生的MLPA数据流，以进行分析、质量控制和可视化。应用统计方法，利用多个对照样本和内部控制，对大系列MLPA踪迹进行归一化和分析。MLPAintert使用有关样本重复、归一化设置和样本特征的信息在绘图中可视化MLPA数据。这种集成的方法有助于自动处理大量MLPA数据，并确保从实验开始到授权报告的快速和流畅的数据流。
Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) is an application that can be used for the detection of multiple chromosomal aberrations in a single experiment. In one reaction, up to 50 different genomic sequences can be analysed. For a reliable work-flow, tools are needed for administrative support, data management, normalisation, visualisation, reporting and interpretation. Here, we developed a data management system, MLPAInter for MLPA interpretation, that is windows executable and has a stand-alone database for monitoring and interpreting the MLPA data stream that is generated from the experimental setup to analysis, quality control and visualisation. A statistical approach is applied for the normalisation and analysis of large series of MLPA traces, making use of multiple control samples and internal controls. MLPAinter visualises MLPA data in plots with information about sample replicates, normalisation settings, and sample characteristics. This integrated approach helps in the automated handling of large series of MLPA data and guarantees a quick and streamlined dataflow from the beginning of an experiment to an authorised report.
登录
查看更多内容
影响因子：
2.9
作者：
Gerdes, T;Kirchhoff, M;Bryndorf, T
通讯作者：
Bryndorf, T
影响因子：
--
作者：
van Dijk, MC;Rombout, PD;Jeuken, JW
通讯作者：
Jeuken, JW
DOI：
10.1002/ajmg.c.30132
发表时间：
2007-05-15
影响因子：
3.1
作者：
Kantarci, Sibel;Donahoe, Patricia K.
通讯作者：
Donahoe, Patricia K.
DOI：
10.1089/109065703322783707
发表时间：
2003-12-01
期刊：
GENETIC TESTING
影响因子：
--
作者：
Erlandson, A;Samuelsson, L;Wahlström, J
通讯作者：
Wahlström, J
DOI：
10.3233/clo-2008-0428
发表时间：
2008
期刊：
Cellular oncology : the official journal of the International Society for Cellular Oncology
影响因子：
--
作者：
Coffa J;van de Wiel MA;Diosdado B;Carvalho B;Schouten J;Meijer GA
通讯作者：
Meijer GA