On-the-fly free energy parameterization via temperature accelerated molecular dynamics.
On-the-fly free energy parameterization via temperature accelerated molecular dynamics.
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DOI：
10.1016/j.cplett.2012.07.064
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发表时间：
2012-09
影响因子：
2.8
通讯作者：
Vanden-Eijnden, Eric
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Abrams, Cameron F.;Vanden-Eijnden, Eric
我们讨论了一种使用分子模拟对任意集体变量中的自由能函数进行参数计算的方法。该方法使用温度加速分子动力学的变体，通过最小化累积梯度误差，将自由能函数的参数动态演化至最佳值。我们使用简单的例子说明了该方法的执行方式，并讨论了其在多尺度分子模拟的有效成对势的推导中的应用。
We discuss a method for parametric calculation of free energy functions in arbitrary collective variables using molecular simulations. The method uses a variant of temperature accelerated molecular dynamics to evolve on-the-fly the parameters of the free energy function to their optimum values by minimization of a cumulative gradient error. We illustrate how the method performs using simple examples and discuss its application in the derivation of effective pairwise potentials for multiscale molecular simulations.
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DOI：
10.1073/pnas.0914540107
发表时间：
2010-03-16
影响因子：
11.1
作者：
Abrams, Cameron F.;Vanden-Eijnden, Eric
通讯作者：
Vanden-Eijnden, Eric
影响因子：
4.4
作者：
Maragliano, Luca;Fischer, Alexander;Ciccotti, Giovanni
通讯作者：
Ciccotti, Giovanni
DOI：
10.1073/pnas.202427399
发表时间：
2002-10-01
影响因子：
11.1
作者：
Laio, A;Parrinello, M
通讯作者：
Parrinello, M
影响因子：
4.4
作者：
Izvekov, S;Voth, GA
通讯作者：
Voth, GA
影响因子：
3
作者：
KUMAR, S;BOUZIDA, D;ROSENBERG, JM
通讯作者：
ROSENBERG, JM