Force field development and simulations of intrinsically disordered proteins.
Force field development and simulations of intrinsically disordered proteins.
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DOI：
10.1016/j.sbi.2017.10.008
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发表时间：
2018-03
影响因子：
6.8
通讯作者：
MacKerell AD Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang J;MacKerell AD Jr
内源性无序蛋白在信号转导、转录调控等生理过程中发挥着重要作用。基于经验力场的计算机模拟已经越来越多地用于理解无序蛋白质的生物物理学。在这篇综述中，我们集中在最近的改进蛋白质力场，包括极化力场，关于其建模的精度内在无序蛋白质。最后，对这些力场的一些最新的基准和应用进行了综述。
Intrinsically disordered proteins (IDPs) play important roles in many physiological processes such as signal transduction and transcriptional regulation. Computer simulations that are based on empirical force fields have been increasingly used to understand the biophysics of disordered proteins. In this review, we focus on recent improvement of protein force fields, including polarizable force fields, concerning their accuracy in modeling intrinsically disordered proteins. Some recent benchmarks and applications of these force fields are also overviewed.
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影响因子：
3.4
作者：
Fluitt, Aaron M.;de Pablo, Juan J.
通讯作者：
de Pablo, Juan J.
影响因子：
5.5
作者：
Guvench, Olgun;Hatcher, Elizabeth;Venable, Richard M.;Pastor, Richard W.;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
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4.3
作者：
Boomsma W;Ferkinghoff-Borg J;Lindorff-Larsen K
通讯作者：
Lindorff-Larsen K
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3
作者：
Duan, Y;Wu, C;Kollman, P
通讯作者：
Kollman, P