XTandem Parser: An open-source library to parse and analyse X!Tandem MS/MS search results
XTandem Parser: An open-source library to parse and analyse X!Tandem MS/MS search results
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DOI：
10.1002/pmic.200900759
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发表时间：
2010-04-01
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Sickmann, Albert
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Muth, Thilo;Vaudel, Marc;Sickmann, Albert
MS 鉴定蛋白质在蛋白质组学中发挥着重要作用。关键的一步是从 MS/MS 谱图中鉴定肽。 X!Tandem 项目 (http://www.thegpm.org/tandem) 为此提供了一个开源搜索引擎。在本研究中，我们提出了一个名为）（Tandem Parser）的开源 Java 库，它将 X!Tandem XML 结果文件解析为易于访问且功能齐全的对象模型（http://xtandem-parser.googlecode.com）。此外，还提供了一个图形用户界面，可用作使用示例和最终用户可视化工具。
Identification of proteins by MS plays an important role in proteomics. A crucial step concerns the identification of peptides from MS/MS spectra. The X!Tandem Project (http:// www.thegpm.org/tandem) supplies an open-source search engine for this purpose. In this study, we present an open-source Java library called)(Tandem Parser that parses X!Tandem XML result files into an easily accessible and fully functional object model (http://xtandem-parser.googlecode.com). In addition, a graphical user interface is provided that functions as a usage example and an end-user visualization tool.