CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers.
CircPrimer: a software for annotating circRNAs and determining the specificity of circRNA primers.
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CircPrimer：用于注释 circRNA 并确定 circRNA 引物特异性的软件
DOI：
10.1186/s12859-018-2304-1
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发表时间：
2018-08-03
影响因子：
3
通讯作者：
Feng J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhong S;Wang J;Zhang Q;Xu H;Feng J
研究背景由于环状RNA（circular RNA，circRNA）在转录后调节基因表达，近年来受到越来越多的关注。然而，目前还没有工具来注释和提取circRNA的拼接序列，也没有工具来确定circRNA引物的特异性。结果在这项研究中，我们提出了circPrimer，它允许用户搜索、注释和可视化circRNA。此外，circPrimer使用户能够提取任何circRNA的剪接序列和基因组序列，包括新型circRNA。此外，circPrimer帮助用户设计引物的circRNA，并确定特异性的circRNA primits.ConclusionsCircPrimer是一个用户友好的工具，探索circRNA，不需要特殊的用户技能。
BackgroundSince circular RNAs (circRNAs) post-transcriptionally regulate gene expression, they have attracted increasing attention. However, there is no existing tool to annotate and extract spliced sequences for circRNAs and no tool to determine the specificity of circRNA primers.ResultsIn this study, we present circPrimer, which allows users to search, annotate, and visualize circRNAs. Additionally, circPrimer enables users to extract the spliced sequences and genomic sequences of any circRNA, including novel circRNAs. Furthermore, circPrimer help users to design primers for circRNAs and to determine the specificity of the circRNA primers.ConclusionsCircPrimer is a user-friendly tool for exploring circRNAs that does not require special user skills.
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