SuperLooper--a prediction server for the modeling of loops in globular and membrane proteins.
SuperLooper--a prediction server for the modeling of loops in globular and membrane proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkp338
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Preissner R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hildebrand PW;Goede A;Bauer RA;Gruening B;Ismer J;Michalsky E;Preissner R
SuperLooper 提供了第一个在线界面，用于自动、快速、交互式地搜索和放置蛋白质中的环 (LIP)。可以筛选包含 5 亿个长度最多为 35 个残基的水溶性蛋白质片段的数据库来筛选候选环。或者，可以搜索包含 180 000 个蛋白质膜环 (LIMP) 的指定数据库。根据序列标准和茎原子的均方根偏差 (RMSD) 对循环候选进行评分。搜索 LIP，各个排名靠前的环相对于原始环的平均全局 RMSD 基准为 <2 Å（对于最多 6 个残基的环）或 <3 Å（对于短于 10 个残基的环）。其他合适的构象可以从前 50 名列表中选择并直接在网络服务器上可视化。为了便于用户指导，模板和原始序列之间的序列同源性、脯氨酸或甘氨酸交换或环候选物和蛋白质其余部分之间的紧密接触都被标明。对于膜蛋白，脂质双层的扩张是使用 TMDET 算法自动建模的。这允许用户选择关于其与脂质双层的相对方向的最佳膜蛋白环。该服务器自 2007 年 10 月起上线，可通过 URL 免费访问：http://bioinformatics.charite.de/superlooper/
SuperLooper provides the first online interface for the automatic, quick and interactive search and placement of loops in proteins (LIP). A database containing half a billion segments of water-soluble proteins with lengths up to 35 residues can be screened for candidate loops. A specified database containing 180 000 membrane loops in proteins (LIMP) can be searched, alternatively. Loop candidates are scored based on sequence criteria and the root mean square deviation (RMSD) of the stem atoms. Searching LIP, the average global RMSD of the respective top-ranked loops to the original loops is benchmarked to be <2 Å, for loops up to six residues or <3 Å for loops shorter than 10 residues. Other suitable conformations may be selected and directly visualized on the web server from a top-50 list. For user guidance, the sequence homology between the template and the original sequence, proline or glycine exchanges or close contacts between a loop candidate and the remainder of the protein are denoted. For membrane proteins, the expansions of the lipid bilayer are automatically modeled using the TMDET algorithm. This allows the user to select the optimal membrane protein loop concerning its relative orientation to the lipid bilayer. The server is online since October 2007 and can be freely accessed at URL: http://bioinformatics.charite.de/superlooper/
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