Tracking transcription factor complexes on DNA using total internal reflectance fluorescence protein binding microarrays.
Tracking transcription factor complexes on DNA using total internal reflectance fluorescence protein binding microarrays.
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DOI：
10.1093/nar/gkp424
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Reich NO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonham AJ;Neumann T;Tirrell M;Reich NO
我们已经开发了一种高通量的蛋白结合微阵列（PBM）检测系统地研究转录调控蛋白复合物结合DNA的不同特异性和亲和力。我们的方法是基于新的耦合的全内反射荧光（TIRF）光谱，可溶胀的水凝胶双链DNA微阵列和染料标记的调控蛋白，使其能够确定平衡结合特异性和动力学速率多个蛋白质：DNA相互作用在一个单一的实验。通过TIRF-PBM确定的一般转录因子TBP，TFIIA和IIB的DNA特异性和亲和力与通过传统方法确定的那些相似，而同时测量二元和三元蛋白质复合物中的因子揭示了优选的结合组合。TIRF-PBM为研究多蛋白质转录因子提供了一个新的、可扩展的平台。
We have developed a high-throughput protein binding microarray (PBM) assay to systematically investigate transcription regulatory protein complexes binding to DNA with varied specificity and affinity. Our approach is based on the novel coupling of total internal reflectance fluorescence (TIRF) spectroscopy, swellable hydrogel double-stranded DNA microarrays and dye-labeled regulatory proteins, making it possible to determine both equilibrium binding specificities and kinetic rates for multiple protein:DNA interactions in a single experiment. DNA specificities and affinities for the general transcription factors TBP, TFIIA and IIB determined by TIRF–PBM are similar to those determined by traditional methods, while simultaneous measurement of the factors in binary and ternary protein complexes reveals preferred binding combinations. TIRF–PBM provides a novel and extendible platform for multi-protein transcription factor investigation.
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