scSTEM: clustering pseudotime ordered single-cell data.
scSTEM: clustering pseudotime ordered single-cell data.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02716-9
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发表时间：
2022-07-07
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
我们开发了scSTEM，单细胞STEM，一种根据单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间排序(scRNA-seq)数据推断的轨迹中基因动态图谱的聚类方法。ScSTEM使用几种度量中的一种来总结基因的表达，并将p值分配给集群，从而能够识别重要的图谱并比较不同路径上的图谱。将scSTEM应用于几个scRNA-seq数据集，证明了其在改进生物过程下游分析方面的有效性和能力。SCSTEM可在https://github.com/alexQiSong/scSTEM.上获得。网上版载有补充材料，可在10.1186/s13059-022-02716-9查阅。
We develop scSTEM, single-cell STEM, a method for clustering dynamic profiles of genes in trajectories inferred from pseudotime ordering of single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data. scSTEM uses one of several metrics to summarize the expression of genes and assigns a p-value to clusters enabling the identification of significant profiles and comparison of profiles across different paths. Application of scSTEM to several scRNA-seq datasets demonstrates its usefulness and ability to improve downstream analysis of biological processes. scSTEM is available at https://github.com/alexQiSong/scSTEM. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02716-9.
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影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
14.9
作者：
Frankish A;Diekhans M;Ferreira AM;Johnson R;Jungreis I;Loveland J;Mudge JM;Sisu C;Wright J;Armstrong J;Barnes I;Berry A;Bignell A;Carbonell Sala S;Chrast J;Cunningham F;Di Domenico T;Donaldson S;Fiddes IT;García Girón C;Gonzalez JM;Grego T;Hardy M;Hourlier T;Hunt T;Izuogu OG;Lagarde J;Martin FJ;Martínez L;Mohanan S;Muir P;Navarro FCP;Parker A;Pei B;Pozo F;Ruffier M;Schmitt BM;Stapleton E;Suner MM;Sycheva I;Uszczynska-Ratajczak B;Xu J;Yates A;Zerbino D;Zhang Y;Aken B;Choudhary JS;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJP;Kellis M;Paten B;Reymond A;Tress ML;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
DOI：
10.1093/bioinformatics/btz778
发表时间：
2020-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Strauss ME;Kirk PDW;Reid JE;Wernisch L
通讯作者：
Wernisch L
影响因子：
64.8
作者：
La Manno G;Soldatov R;Zeisel A;Braun E;Hochgerner H;Petukhov V;Lidschreiber K;Kastriti ME;Lönnerberg P;Furlan A;Fan J;Borm LE;Liu Z;van Bruggen D;Guo J;He X;Barker R;Sundström E;Castelo-Branco G;Cramer P;Adameyko I;Linnarsson S;Kharchenko PV
通讯作者：
Kharchenko PV
影响因子：
9.3
作者：
Sefer E;Kleyman M;Bar-Joseph Z
通讯作者：
Bar-Joseph Z