基于TCGA数据库筛选调控mRNA表达的子宫颈癌相关基因
基于TCGA数据库筛选调控mRNA表达的子宫颈癌相关基因
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DOI：
10.12007/j.issn.0258-4646.2021.04.005
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
王俊利
中科院分区：
文献类型：
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作者：
石凤;陈志鸿;李光景;陈升才;罗小琼;王俊利
目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选调控子宫颈癌发生发展的遗传突变基因,并探讨突变基因的临床价值。方法从TCGA数据库下载子宫颈癌相关单核苷酸多态性数据和表达谱数据。通过R软件进行差异表达分析。通过DAVID软件对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用String和Cytoscape进行蛋白网络互作分析。筛选与蛋白表达水平相关的突变基因并绘制生存曲线。结果GO和KEGG富集分析显示突变基因负调控RNA聚合酶Ⅱ启动子区域、参与Notch信号通路及多种致癌过程。DNAH17、FBXW7和SYNE2 3个突变基因与相应的mRNA表达水平显著相关(P分别为0.020、 0.029、0.031)。SYNE2高表达显著降低子宫颈癌患者的无病生存期(P = 0.008)。结论DNAH17、 FBXW7和SYNE2基因突变可调控mRNA的表达水平,为子宫颈癌的遗传突变风险提供重要的生物信息学理论依据。