Selection signatures in worldwide sheep populations.
Selection signatures in worldwide sheep populations.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0103813
复制
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Boitard S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fariello MI;Servin B;Tosser-Klopp G;Rupp R;Moreno C;International Sheep Genomics Consortium;San Cristobal M;Boitard S
家养物种种群的多样性为研究基因组对选择的反应提供了很好的机会。最近发表的绵羊HapMap数据集是描述世界范围内绵羊遗传多样性的一个很好的例子。在这项研究中，我们重新分析了绵羊HapMap数据集，以确定全球绵羊种群的选择特征。与之前的分析相比，我们使用的统计方法(i)考虑了绵羊种群的层次结构，（ii）利用了连锁不平衡信息，（iii）专门关注最近或更早的选择特征。我们表明，这可以在绵羊基因组中精确定位几个新的选择特征，并区分那些与现代育种目标和早期驯化后限制有关的特征。这些新发现的区域，连同先前发现的区域，揭示了基因组对形态、颜色和适应新环境的选择的广泛反应。
The diversity of populations in domestic species offers great opportunities to study genome response to selection. The recently published Sheep HapMap dataset is a great example of characterization of the world wide genetic diversity in sheep. In this study, we re-analyzed the Sheep HapMap dataset to identify selection signatures in worldwide sheep populations. Compared to previous analyses, we made use of statistical methods that (i) take account of the hierarchical structure of sheep populations, (ii) make use of linkage disequilibrium information and (iii) focus specifically on either recent or older selection signatures. We show that this allows pinpointing several new selection signatures in the sheep genome and distinguishing those related to modern breeding objectives and to earlier post-domestication constraints. The newly identified regions, together with the ones previously identified, reveal the extensive genome response to selection on morphology, color and adaptation to new environments.
登录
查看更多内容
影响因子：
7
作者：
Cohen-Zinder, M;Seroussi, E;Ron, M
通讯作者：
Ron, M
影响因子：
4.5
作者：
Hauswirth R;Haase B;Blatter M;Brooks SA;Burger D;Drögemüller C;Gerber V;Henke D;Janda J;Jude R;Magdesian KG;Matthews JM;Poncet PA;Svansson V;Tozaki T;Wilkinson-White L;Penedo MC;Rieder S;Leeb T
通讯作者：
Leeb T
影响因子：
2.4
作者：
Druet, T.;Perez-Pardal, L.;Gautier, M.
通讯作者：
Gautier, M.
影响因子：
30.8
作者：
Clop, Alex;Marcq, Fabienne;Georges, Michel
通讯作者：
Georges, Michel
影响因子：
1.8
作者：
Bidinost, F.;Roldan, D. L.;Poli, M. A.
通讯作者：
Poli, M. A.