SNP and haplotype mapping for genetic analysis in the rat.
SNP and haplotype mapping for genetic analysis in the rat.
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DOI：
10.1038/ng.124
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发表时间：
2008-05
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Hubner N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
STAR Consortium;Saar K;Beck A;Bihoreau MT;Birney E;Brocklebank D;Chen Y;Cuppen E;Demonchy S;Dopazo J;Flicek P;Foglio M;Fujiyama A;Gut IG;Gauguier D;Guigo R;Guryev V;Heinig M;Hummel O;Jahn N;Klages S;Kren V;Kube M;Kuhl H;Kuramoto T;Kuroki Y;Lechner D;Lee YA;Lopez-Bigas N;Lathrop GM;Mashimo T;Medina I;Mott R;Patone G;Perrier-Cornet JA;Platzer M;Pravenec M;Reinhardt R;Sakaki Y;Schilhabel M;Schulz H;Serikawa T;Shikhagaie M;Tatsumoto S;Taudien S;Toyoda A;Voigt B;Zelenika D;Zimdahl H;Hubner N
实验大鼠是研究最广泛的模式生物之一。近交系实验室大鼠品系来源于有限的褐家鼠种群，其遗传变异为基因与表型的关联提供了极好的资源。在这里，我们报告了一项基于近300万个新SNPs的遗传变异调查。我们获得了167个不同的近交系大鼠品系、两个大鼠重组近交系(RI)和一个F2杂交组合的20,238个SNPs子集的准确和完整的基因型别。使用其中81%的SNPs，我们构建了高密度遗传图谱，为疾病基因定位创建了一个完全特征化的SNPs的大型数据集。我们的数据描述了种群结构，并说明了连锁不平衡的程度。我们提供了一个详细的SNP图谱，并展示了它在QTL定位研究中的作用。这一社区资源是公开可用的，并为这一生理学研究的主力增加了遗传工具。
The laboratory rat is one of the most extensively studied model organisms. Inbred laboratory rat strains have originated from limited Rattus norvegicus founder populations and the inherited genetic variation provides an excellent resource for the correlation of genotype to phenotype. Here, we report a survey of genetic variation based on almost 3 million novel SNPs. We obtained accurate and complete genotypes for a subset of 20,238 SNPs across 167 distinct inbred rat strains, two rat recombinant inbred (RI) panels, and an F2-intercross. Using 81% of these SNPs we constructed high density genetic maps, creating a large dataset of fully characterized SNPs for disease gene mapping. Our data characterise the population structure and illustrate the degree of linkage disequilibrium. We provide a detailed SNP map and demonstrate its utility for QTL mapping studies. This community resource is openly available and augments the genetic tools for this workhorse of physiological studies.
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