Biomartr: genomic data retrieval with R
Biomartr: genomic data retrieval with R
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw821
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发表时间：
2017-04-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Paszkowski, Jerzy
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Drost, Hajk-Georg;Paszkowski, Jerzy
动机：基因组数据的检索和可重复的功能注释在生物学中至关重要。然而，目前检索方法的可用性和透明度差，阻碍了可重复性。在这里，我们提出了一个开源的R包，rectr，它提供了一个全面的易于使用的框架，用于自动化数据检索和功能注释的元基因组方法。的功能，实现了高度的清晰度，透明度和重现性的analyses.Results：的的功能，实现了直接的批量检索的所有基因组数据或数据的选定的基因组，蛋白质组，编码序列和注释文件中的数据库托管的国家生物技术信息中心（NCBI）和欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）。此外，该软件还与BioMart数据库进行通信，以便对检索到的序列进行功能注释。全面的Appletr函数文档和五个教程插图提供了如何以可重复的方式使用该软件包的分步说明。
Motivation: Retrieval and reproducible functional annotation of genomic data are crucial in biology. However, the current poor usability and transparency of retrieval methods hinders reproducibility. Here we present an open source R package, biomartr, which provides a comprehensive easy-to-use framework for automating data retrieval and functional annotation for meta-genomic approaches. The functions of biomartr achieve a high degree of clarity, transparency and reproducibility of analyses.Results: The biomartr package implements straightforward functions for bulk retrieval of all genomic data or data for selected genomes, proteomes, coding sequences and annotation files present in databases hosted by the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). In addition, biomartr communicates with the BioMart database for functional annotation of retrieved sequences. Comprehensive documentation of biomartr functions and five tutorial vignettes provide step-by-step instructions on how to use the package in a reproducible manner.