Building enhancers from the ground up: a synthetic biology approach.
Building enhancers from the ground up: a synthetic biology approach.
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从头开始建筑增强剂：一种合成生物学方法。
DOI：
10.1016/j.cell.2011.06.024
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发表时间：
2011-07-08
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Fraser SE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amit R;Garcia HG;Phillips R;Fraser SE
合成生物学方法的一个挑战是利用我们对系统的理解来重建具有特定特性的生物功能。我们已经将这个框架应用于细菌增强子，结合驱动程序，转录因子结合位点和平衡的聚合酶来创建合成的模块化增强子。我们的研究结果表明，基于增强子的转录控制关键和定量地依赖于DNA循环，导致复杂的监管效果时，增强子盒含有额外的转录因子TetR，细菌转录因子的结合位点。我们通过实验和热力学模型的系统相互作用表明，基因表达水平可以被调节，以将可变诱导剂浓度输入转换为离散或阶梯状输出表达水平。最后，使用不同的DNA结合蛋白（TraR），我们表明，监管输出不是一个特定的功能的特定的DNA结合蛋白用于增强子，但合成细菌增强子的一般属性。
A challenge of the synthetic biology approach is to use our understanding of a system to recreate a biological function with specific properties. We have applied this framework to bacterial enhancers, combining a driver, transcription factor binding sites, and a poised polymerase to create synthetic modular enhancers. Our findings suggest that enhancer-based transcriptional control depends critically and quantitatively on DNA looping, leading to complex regulatory effects when the enhancer cassettes contain additional transcription factor binding sites for TetR, a bacterial transcription factor. We show through a systematic interplay of experiment and thermodynamic modeling that the level of gene expression can be modulated to convert a variable inducer concentration input into discrete or step-like output expression levels. Finally, using a different DNA-binding protein (TraR), we show that the regulatory output is not a particular feature of the specific DNA-binding protein used for the enhancer but a general property of synthetic bacterial enhancers.
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影响因子：
3.6
作者：
Atkinson, MR;Pattaramanon, N;Ninfa, AJ
通讯作者：
Ninfa, AJ
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4
作者：
MAGASANIK, B
通讯作者：
MAGASANIK, B
影响因子：
5.6
作者：
LAW, SM;BELLOMY, GR;RECORD, MT
通讯作者：
RECORD, MT
DOI：
10.1038/nrg2697
发表时间：
2009-12
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.90.7.3083
发表时间：
1993-04-01
影响因子：
11.1
作者：
JOUNG, JK;LE, LU;HOCHSCHILD, A
通讯作者：
HOCHSCHILD, A