Frequent allopolyploidy with distant progenitors in the moss genera Physcomitrium and Entosthodon (Funariaceae) identified via subgenome phasing of targeted nuclear genes
Frequent allopolyploidy with distant progenitors in the moss genera Physcomitrium and Entosthodon (Funariaceae) identified via subgenome phasing of targeted nuclear genes
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通过目标核基因的亚基因组定相鉴定出苔藓属 Physcomitrium 和 Entosthodon (Funariaceae) 中远缘祖先的频繁异源多倍体
DOI：
10.1093/evolut/qpad171
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Chapman, ed., Tracey
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Patel, Nikisha;Medina, Rafael;Williams, Lindsay D.;Lemieux, Olivia;Goffinet, Bernard;Johnson, Matthew G.;Betancourt, ed., Andrea;Chapman, ed., Tracey
异源多倍体是胚芽植物物种发现的新前沿。在苔藓植物中，异源多倍体的发现受到低形态复杂性的挑战。除了利用代表同源基因的核基因座之间的变异来识别基因组合并和全基因组复制的计算发展外，测序方法的迅速扩展使得在苔藓中发现异源多倍体的工作有所增加。在这里，我们测试了一种新的方法来在Funariaceae中对基因座内的同源基因和跨亚基因组或亚基因组分配的基因座进行阶段划分，称为Homologizer。我们确认了华东毛藻的属间杂种特性，以及毛壳藻的异源多倍体起源和一个种群的异源多倍体起源。我们还发现，杂交产生了沉浸植酸菌，以及尚未被识别的具有梨状植酸菌和球状植酸菌表型的谱系。我们的发现证明了我们的方法在处理多倍体基因组时的有效性，以及它在利用目标捕获数据识别祖先物种方面的价值。
Allopolyploids represent a new frontier in species discovery among embryophytes. Within mosses, allopolyploid discovery is challenged by low morphological complexity. The rapid expansion of sequencing approaches in addition to computational developments to identifying genome merger and whole-genome duplication using variation among nuclear loci representing homeologs has allowed for increased allopolyploid discovery among mosses. Here, we test a novel approach to phasing homeologs within loci and phasing loci across subgenomes, or subgenome assignment, called Homologizer, in the family Funariaceae. We confirm the intergeneric hybrid nature ofEntosthodon hungaricus, and the allopolyploid origin ofPhyscomitrium eurystomumand one population ofPhyscomitrium collenchymatum. We also reveal that hybridization gave rise toPhyscomitrium immersum,as well as to yet unrecognized lineages sharing the phenotype ofPhyscomitrium pyriformeandPhyscomitrium sphaericum.Our findings demonstrate the utility of our approach when working with polyploid genomes, and its value in identifying progenitor species using target capture data.
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通讯作者：
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DOI：
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发表时间：
2015-07
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
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通讯作者：
David C. Tank;J. Eastman;Matthew W. Pennell;P. Soltis;D. Soltis;Cody E. Hinchliff;Joseph W. Brown;Emily B. Sessa;L. Harmon
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A.J.E. Smith
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