Ribozyme-based insulator parts buffer synthetic circuits from genetic context.
Ribozyme-based insulator parts buffer synthetic circuits from genetic context.
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DOI：
10.1038/nbt.2401
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发表时间：
2012-11
影响因子：
46.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
合成遗传程序是由集成传感器和实现基因表达的时间控制的电路构建的。转录电路通过使用启动子在电路之间携带信号来分层。换句话说，一个回路的输出启动子充当下一个回路的输入启动子。因此，连接电路需要将启动子物理连接到下一个电路。我们发现，在输入启动子和电路之间的连接处的序列可以影响电路的输入输出响应（传递函数）。在大肠杆菌中筛选了一个可能减少（或缓冲）这种背景效应的推定序列库，我们称之为“绝缘子部分”。我们发现，切割mRNA的5′非翻译区（5′-UTR）的核酶是有效的绝缘子。它们产生数量上相同的传递函数，而与输入启动子的身份无关。当这些绝缘体用于连接合成基因电路时，可以使用数学模型预测分层电路的行为。包含绝缘体将是至关重要的，在可靠地置换电路，以建立不同的程序。
Synthetic genetic programs are built from circuits that integrate sensors and implement temporal control of gene expression. Transcriptional circuits are layered by using promoters to carry the signal between circuits. In other words, the output promoter of one circuit serves as the input promoter to the next. Thus, connecting circuits requires physically connecting a promoter to the next circuit. We show that the sequence at the junction between the input promoter and circuit can affect the input-output response (transfer function) of the circuit. A library of putative sequences that might reduce (or buffer) such context effects, which we refer to as ‘insulator parts’, is screened in Escherichia coli. We find that ribozymes that cleave the 5′ untranslated region (5′-UTR) of the mRNA are effective insulators. They generate quantitatively identical transfer functions, irrespective of the identity of the input promoter. When these insulators are used to join synthetic gene circuits, the behavior of layered circuits can be predicted using a mathematical model. The inclusion of insulators will be critical in reliably permuting circuits to build different programs.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Galdzicki M;Rodriguez C;Chandran D;Sauro HM;Gennari JH
通讯作者：
Gennari JH
DOI：
10.1073/pnas.89.9.3711
发表时间：
1992-05-01
影响因子：
11.1
作者：
HERNANDEZ, C;FLORES, R
通讯作者：
FLORES, R
影响因子：
3
作者：
Baker, David;Group, B. I. O. F. A. B.;Weiss, Ron
通讯作者：
Weiss, Ron
DOI：
10.1073/pnas.0408507102
发表时间：
2005-03-08
影响因子：
11.1
作者：
Hooshangi, S;Thiberge, S;Weiss, R
通讯作者：
Weiss, R