DNA methylation GrimAge version 2.
DNA methylation GrimAge version 2.
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DNA甲基化悲伤版本2。
DOI：
10.18632/aging.204434
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发表时间：
2022-12-14
期刊：
影响因子：
5.2
通讯作者：
Horvath, Steve
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lu, Ake T.;Binder, Alexandra M.;Zhang, Joshua;Yan, Qi;Reiner, Alex P.;Cox, Simon R.;Corley, Janie;Harris, Sarah E.;Kuo, Pei-Lun;Moore, Ann Z.;Bandinelli, Stefania;Stewart, James D.;Wang, Cuicui;Hamlat, Elissa J.;Epel, Elissa S.;Schwartz, Joel D.;Whitsel, Eric A.;Correa, Adolfo;Ferrucci, Luigi;Marioni, Riccardo E.;Horvath, Steve
我们先前描述了基于DNA甲基化（DNAm）的人类死亡风险生物标志物DNAm GrimAge。在这里，我们描述了GrimAge的第2版（在40至92岁的个体上训练），它利用了两个新的基于DNAm的血浆蛋白（对数转换）估计值：高灵敏度C反应蛋白（logCRP）和血红蛋白A1 C（logA 1C）。我们在9个研究队列的13，399份血液样本中评估了GrimAge 2。在对年龄和性别进行调整后，Grims 2在预测多个种族/民族的死亡率方面优于GrimAge（Meta P=3.6x10-167对比P=2.6x10-144）以及与年龄相关疾病（如冠心病、肺功能测量FEV 1）的相关性（相关性=-0.31，P=1.1x10-136），基于脂肪肝疾病的计算机断层扫描测量。我们提出的证据表明，GrimAge第2版也适用于年轻人和唾液样本，它跟踪代谢综合征的标志物。DNAm logCRP与发病率呈正相关（P=1.3x10-54）。DNAm logA 1C与2型糖尿病高度相关（P=5.8x10-155）。在与甘油三酯（cor=0.34，P=9.6x10-267）和内脏脂肪（cor=0.41，P=4.7x10-41）相关方面，DNAm派-1优于其他年龄调整的DNAm生物标志物，包括Grimes 2。总的来说，我们证明了GrimAge版本2是人类死亡率和发病率风险的一个有吸引力的表观遗传生物标志物。
We previously described a DNA methylation (DNAm) based biomarker of human mortality risk DNAm GrimAge. Here we describe version 2 of GrimAge (trained on individuals aged between 40 and 92) which leverages two new DNAm based estimators of (log transformed) plasma proteins: high sensitivity C-reactive protein (logCRP) and hemoglobin A1C (logA1C). We evaluate GrimAge2 in 13,399 blood samples across nine study cohorts. After adjustment for age and sex, GrimAge2 outperforms GrimAge in predicting mortality across multiple racial/ethnic groups (meta P=3.6x10-167 versus P=2.6x10-144) and in terms of associations with age related conditions such as coronary heart disease, lung function measurement FEV1 (correlation= -0.31, P=1.1x10-136), computed tomography based measurements of fatty liver disease. We present evidence that GrimAge version 2 also applies to younger individuals and to saliva samples where it tracks markers of metabolic syndrome. DNAm logCRP is positively correlated with morbidity count (P=1.3x10-54). DNAm logA1C is highly associated with type 2 diabetes (P=5.8x10-155). DNAm PAI-1 outperforms the other age-adjusted DNAm biomarkers including GrimAge2 in correlating with triglyceride (cor=0.34, P=9.6x10-267) and visceral fat (cor=0.41, P=4.7x10-41). Overall, we demonstrate that GrimAge version 2 is an attractive epigenetic biomarker of human mortality and morbidity risk.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu848
发表时间：
2015-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Euesden J;Lewis CM;O'Reilly PF
通讯作者：
O'Reilly PF
影响因子：
5.6
作者：
Anderson, GL;Manson, J;Prentice, RL
通讯作者：
Prentice, RL
影响因子：
7.7
作者：
Belsky DW;Caspi A;Corcoran DL;Sugden K;Poulton R;Arseneault L;Baccarelli A;Chamarti K;Gao X;Hannon E;Harrington HL;Houts R;Kothari M;Kwon D;Mill J;Schwartz J;Vokonas P;Wang C;Williams BS;Moffitt TE
通讯作者：
Moffitt TE
影响因子：
3.1
作者：
Cesari M;Pahor M;Incalzi RA
通讯作者：
Incalzi RA
影响因子：
5.8
作者：
Emmerson, RHC;O'Reilly-Wiese, SB;Lester, JN
通讯作者：
Lester, JN