An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform.
An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform.
复制标题
DOI：
10.1186/2049-2618-2-6
复制
发表时间：
2014-02-24
期刊：
影响因子：
15.5
通讯作者：
Ravel J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fadrosh DW;Ma B;Gajer P;Sengamalay N;Ott S;Brotman RM;Ravel J
要利用负担得起的高通量下一代测序技术来表征微生物群落组成，往往需要开发改进的方法，以克服测序平台固有的技术限制。在Illumina MiSeq平台上对诸如16S rRNA扩增的低序列多样性文库进行测序一直是有问题的，并且经常产生质量不佳的序列。在这里，我们提出了一种改进的双指数扩增和测序方法，利用Illumina MiSeq平台上16S rRNA基因的V3-V4区域来评估临床样本中微生物群落的组成。我们在索引序列中引入了一个0到7个碱基对的“异质间隔区”，允许对相同比例的样本进行异相测序。我们的方法使用250和300 bp的配对端MiSeq协议从16S rRNA基因扩增中产生高质量的序列数据，并提供了灵活和成本效益高的测序选项。
To take advantage of affordable high-throughput next-generation sequencing technologies to characterize microbial community composition often requires the development of improved methods to overcome technical limitations inherent to the sequencing platforms. Sequencing low sequence diversity libraries such as 16S rRNA amplicons has been problematic on the Illumina MiSeq platform and often generates sequences of suboptimal quality. Here we present an improved dual-indexing amplification and sequencing approach to assess the composition of microbial communities from clinical samples using the V3-V4 region of the 16S rRNA gene on the Illumina MiSeq platform. We introduced a 0 to 7 bp “heterogeneity spacer” to the index sequence that allows an equal proportion of samples to be sequenced out of phase. Our approach yields high quality sequence data from 16S rRNA gene amplicons using both 250 bp and 300 bp paired-end MiSeq protocols and provides a flexible and cost-effective sequencing option.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1038/ismej.2012.8
发表时间：
2012-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.4
作者：
Kozich, James J.;Westcott, Sarah L.;Schloss, Patrick D.
通讯作者：
Schloss, Patrick D.
影响因子：
3
作者：
Masella AP;Bartram AK;Truszkowski JM;Brown DG;Neufeld JD
通讯作者：
Neufeld JD
DOI：
10.1038/ismej.2011.139
发表时间：
2012-03
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.4
作者：
Wang, Qiong;Garrity, George M.;Cole, James R.
通讯作者：
Cole, James R.