Mitochondrial genomics in Orthoptera using MOSAS
Mitochondrial genomics in Orthoptera using MOSAS
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DOI：
10.3109/19401736.2010.500812
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发表时间：
2010-06-01
影响因子：
--
通讯作者：
Whiting, Michael F.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Sheffield, Nathan C.;Hiatt, Kevin D.;Whiting, Michael F.
我们提出了完整的线粒体基因组（有丝分裂基因组）的直翅目（Xyleus modestus，Physemacris variolosa，和Ellipes minuta）和描述MOSAS（操纵，组织，存储和分析序列），我们开发的软件，以方便注释和分析。我们分析了这些和其他18个直翅目有丝分裂基因组的碱基组成、起始密码子和终止密码子、非编码区和基因顺序，并重建了一个直翅目的系统发育。我们提出了cox 1的四核苷酸起始密码子，并假设tRNA（Asp）-tRNA（Lys）重排是Acridomorpha的突触形态，但不是Caelifera。我们进一步描述了MOSAS，用户友好的软件，我们用于此分析。MOSAS简化了序列数据存储、组织、注释和比对，并提供了用于数据集构建的方便搜索工具和特别适合于注释有丝分裂基因组的强大注释引擎（可在http://mosas.byu.edu获得）。
We present complete mitochondrial genomes (mitogenomes) for three orthopterans (Xyleus modestus, Physemacris variolosa, and Ellipes minuta) and describe MOSAS(manipulation, organization, storage, and analysis of sequences), software we developed to facilitate annotation and analysis. We analyze the base composition, start and stop codons, non-coding regions, and gene order among these and 18 other orthopteran mitogenomes from GenBank and reconstruct a phylogeny of Orthoptera. We propose a tetranucleotide start codon for cox1, and hypothesize that the tRNA(Asp)-tRNA(Lys) rearrangement is a synapomorphy for Acridomorpha, but not Caelifera. We further describe MOSAS, user-friendly software we used for this analysis. MOSAS streamlines sequence data storage, organization, annotation, and alignment, and provides convenient search tools for dataset construction and a robust annotation engine particularly suited to annotating mitogenomes (available at http://mosas.byu.edu).