A comparative analysis of genome-wide chromatin immunoprecipitation data for mammalian transcription factors.
A comparative analysis of genome-wide chromatin immunoprecipitation data for mammalian transcription factors.
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DOI：
10.1093/nar/gkl803
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wong WH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ji H;Vokes SA;Wong WH
全基因组定位分析（ChIP-chip，ChIP-PET）是研究哺乳动物转录调控的一种有效技术。为了获得对哺乳动物转录因子及其分析中的潜在问题产生的位置数据的基本理解，我们进行了8个独立的ChIP实验的比较研究，涉及6种不同的转录因子在人类和小鼠。我们的交叉研究比较，据我们所知，第一次分析多个数据集，揭示了精心选择的基因组控制在从头识别关键转录因子结合基序的重要性，提出了关于普遍存在的序列基序的解释问题，并证明了某些转录因子的蛋白质结合区域的聚类趋势。
Genome-wide location analysis (ChIP-chip, ChIP-PET) is a powerful technique to study mammalian transcriptional regulation. In order to obtain a basic understanding of the location data generated for mammalian transcription factors and potential issues in their analysis, we conducted a comparative study of eight independent ChIP experiments involving six different transcription factors in human and mouse. Our cross-study comparisons, to the best of our knowledge the first to analyze multiple datasets, revealed the importance of carefully chosen genomic controls in the de novo identification of key transcription factor binding motifs, raised issues about the interpretation of ubiquitously occurring sequence motifs, and demonstrated the clustering tendency of protein-binding regions for certain transcription factors.
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