The landscape of microsatellite instability in colorectal and endometrial cancer genomes.
The landscape of microsatellite instability in colorectal and endometrial cancer genomes.
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DOI：
10.1016/j.cell.2013.10.015
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发表时间：
2013-11-07
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Park PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim TM;Laird PW;Park PJ
微卫星-存在于人类基因组中数百万个位点的简单串联重复序列-可以由于DNA错配修复缺陷而缩短或延长。我们在这里提出了第一个全面的全基因组分析癌症基因组中微卫星不稳定性（MSI）的患病率，突变谱和功能后果。我们使用外显子组和全基因组测序数据分析了277个结直肠癌和子宫内膜癌基因组（包括57个微卫星不稳定基因组）的MSI。与野生型等位基因相比，编码序列中的复发性MSI事件显示肿瘤类型特异性、升高的移码与框内比率和较低的转录水平。此外，全基因组分析揭示了MSI与点突变分布的差异，包括分别与异染色质和基因间区域相比，常染色质和内含子区域中MSI的过度表达，以及核小体占据序列中MSI的缺失。我们的研究结果提供了癌症基因组中MSI的全景，突出了它们的肿瘤类型特异性，对基因表达的影响以及染色质组织的作用。
Microsatellites - simple tandem repeats present at millions of sites in the human genome - can shorten or lengthen due to a defect in DNA mismatch repair. We present here the first comprehensive genome-wide analysis of the prevalence, mutational spectrum and functional consequences of microsatellite instability (MSI) in cancer genomes. We analyzed MSI in 277 colorectal and endometrial cancer genomes (including 57 microsatellite-unstable ones) using exome and whole-genome sequencing data. Recurrent MSI events in coding sequences showed tumor type-specificity, elevated frameshift-to-inframe ratios, and lower transcript levels than wildtype alleles. Moreover, genome-wide analysis revealed differences in the distribution of MSI versus point mutations, including overrepresentation of MSI in euchromatic and intronic regions compared to heterochromatic and intergenic regions, respectively, and depletion of MSI at nucleosome-occupied sequences. Our results provide a panoramic view of MSI in cancer genomes, highlighting their tumor type-specificity, impact on gene expression, and the role of chromatin organization.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
29.4
作者：
Boland CR;Goel A
通讯作者：
Goel A
影响因子：
8
作者：
Horiguchi, K.;Sakamoto, K.;Koinuma, D.;Semba, K.;Inoue, A.;Inoue, S.;Fujii, H.;Yamaguchi, A.;Miyazawa, K.;Miyazono, K.;Saitoh, M.
通讯作者：
Saitoh, M.
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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