Diversity and dynamics of the Drosophila
Diversity and dynamics of the Drosophila
复制标题
果蝇的多样性和动态
DOI：
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
S. Celniker
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiayu Wen;Soo Park;K. Wan;Charles Yu;Dayu Zhang;J. Carlson;L. Cherbas;B. Eads;David Miller;K. Mockaitis;Johnny Roberts;Carrie A. Davis;E. Frise;A. Hammonds;S. Olson;S. Shenker;David Sturgill;A. Samsonova;Richard Weiszmann;G. Robinson;Juan Hernandez;J. Andrews;P. Bickel;Piero Carninci;P. Cherbas;T. Gingeras;R. Hoskins;T. Kaufman;E. Lai;B. Oliver;N. Perrimon;B. Graveley;S. Celniker
培养细胞系中黑腹果蝇的RNA测序，解剖的器官系统和不充分的精神扰动。我们发现，通过广泛的交替启动子使用和RNA剪接，一小部分主要是神经特异性的基因具有编码数千个转录本的潜力。剪接变化的幅度在发育阶段之间比在发育阶段之间更大，并且大多数性别特异性剪接是性腺特异性的。性腺表达数百种以前未知的编码和长非编码RNA（lncRNA），其中一些与蛋白质编码基因反义，并产生短调控RNA。此外，先前鉴定的基因间转录主要发生在新鉴定的内含子内。果蝇的转录组比以前认识到的要复杂得多，这种复杂性来自于启动子、剪接位点和多聚腺苷酸化位点的组合使用。下一代RNA测序（RNA-seq）已经完成了多种生物基因组转录区域的定位
RNA sequencing from Drosophila melanogaster in cultured cell lines, dissected organ systems and underenvironmental perturbations. We found that a small set of mostly neural-specific genes has the potential to encodethousandsoftranscriptseachthroughextensivealternativepromoterusageandRNAsplicing.Themagnitudesofsplicingchangesarelargerbetweentissuesthanbetweendevelopmentalstages,andmostsex-specificsplicingisgonad-specific.Gonads express hundreds of previously unknown coding and long non-coding RNAs (lncRNAs), some of which areantisense to protein-coding genes and produce short regulatory RNAs. Furthermore, previously identified pervasiveintergenic transcription occurs primarily within newly identified introns. The fly transcriptome is substantially morecomplexthanpreviouslyrecognized,withthiscomplexityarisingfromcombinatorialusageofpromoters,splicesitesandpolyadenylation sites.Next-generationRNAsequencing(RNA-seq)haspermittedthemap-pingoftranscribedregionsofthegenomesofavarietyoforganisms
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影响因子：
8.8
作者：
Smibert P;Miura P;Westholm JO;Shenker S;May G;Duff MO;Zhang D;Eads BD;Carlson J;Brown JB;Eisman RC;Andrews J;Kaufman T;Cherbas P;Celniker SE;Graveley BR;Lai EC
通讯作者：
Lai EC
影响因子：
8.8
作者：
Huelga SC;Vu AQ;Arnold JD;Liang TY;Liu PP;Yan BY;Donohue JP;Shiue L;Hoon S;Brenner S;Ares M Jr;Yeo GW
通讯作者：
Yeo GW
影响因子：
7
作者：
Stapleton, M;Liao, GC;Rubin, GM
通讯作者：
Rubin, GM
影响因子：
7
作者：
Hoskins, Roger A.;Landolin, Jane M.;Celniker, Susan E.
通讯作者：
Celniker, Susan E.
影响因子：
7
作者：
Cherbas, Lucy;Willingham, Aarron;Cherbas, Peter
通讯作者：
Cherbas, Peter