Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly.
Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-3-r55
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Pop M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Phillippy AM;Schatz MC;Pop M
一组软件工具首次被组合在一个自动化流程中，用于检测大规模基因组组装错误以及验证基因组组装。
我们首次提出了旨在进行自动化基因组组装验证的工具集合。这项工作规范了几种检测错误组装的机制，并描述了它们在我们名为amosvalidate的自动化验证流程中的实现方式。我们展示了我们的流程在细菌和真核生物基因组组装中的应用，并强调了草图基因组和完成基因组中的若干组装错误。所描述的软件与常见的组装格式兼容，并以开源形式发布在http://amos.sourceforge.net。
A collection of software tools is combined for the first time in an automated pipeline for detecting large-scale genome assembly errors and for validating genome assemblies. We present the first collection of tools aimed at automated genome assembly validation. This work formalizes several mechanisms for detecting mis-assemblies, and describes their implementation in our automated validation pipeline, called amosvalidate. We demonstrate the application of our pipeline in both bacterial and eukaryotic genome assemblies, and highlight several assembly errors in both draft and finished genomes. The software described is compatible with common assembly formats and is released, open-source, at http://amos.sourceforge.net.
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DOI：
10.1073/pnas.0307971100
发表时间：
2004-02-17
影响因子：
11.1
作者：
Istrail, S;Sutton, GG;Venter, JC
通讯作者：
Venter, JC
影响因子：
7
作者：
Mullikin, JC;Ning, ZM
通讯作者：
Ning, ZM
影响因子：
7
作者：
Jaffe, DB;Butler, J;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
影响因子：
14.9
作者：
Benson, G
通讯作者：
Benson, G
影响因子：
5.8
作者：
Bartels, D;Kespohl, S;Schuster, SC
通讯作者：
Schuster, SC