WebArray: an online platform for microarray data analysis.
WebArray: an online platform for microarray data analysis.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-306
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发表时间：
2005-12-21
影响因子：
3
通讯作者：
Wang, YP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xia, XQ;McClelland, M;Wang, YP
许多尖端的微阵列分析工具和算法，包括Bioconductor中常用的limma和affy软件包，需要复杂的数学知识，统计学和计算机技能才能实现。商业软件可以以相当高的成本提供用户友好的界面。为了便于在开放平台上使用这些工具进行微阵列数据分析，我们开发了一个在线微阵列数据分析平台WebArray，供实验室生物学家利用这些工具探索单/双色微阵列实验的数据。目前实现的功能基于Bioconductor的limma和affy软件包、间隔LOESS直方图（SPLOSH）方法、PCA辅助归一化方法和基因组作图方法。WebArray整合了这些软件包，并提供了一个用户友好的界面，用于访问limma和其他各种关键功能，如斑点质量权重，背景校正，图形绘制，归一化，线性建模，经验贝叶斯统计分析，错误发现率（FDR）估计，染色体定位基因组比较。WebArray为生物学家提供了一个方便的平台，可以访问几个尖端的微阵列数据分析工具。该网站免费提供。它运行在带有Apache和MySQL的Linux服务器上。
Many cutting-edge microarray analysis tools and algorithms, including commonly used limma and affy packages in Bioconductor, need sophisticated knowledge of mathematics, statistics and computer skills for implementation. Commercially available software can provide a user-friendly interface at considerable cost. To facilitate the use of these tools for microarray data analysis on an open platform we developed an online microarray data analysis platform, WebArray, for bench biologists to utilize these tools to explore data from single/dual color microarray experiments. The currently implemented functions were based on limma and affy package from Bioconductor, the spacings LOESS histogram (SPLOSH) method, PCA-assisted normalization method and genome mapping method. WebArray incorporates these packages and provides a user-friendly interface for accessing a wide range of key functions of limma and others, such as spot quality weight, background correction, graphical plotting, normalization, linear modeling, empirical bayes statistical analysis, false discovery rate (FDR) estimation, chromosomal mapping for genome comparison. WebArray offers a convenient platform for bench biologists to access several cutting-edge microarray data analysis tools. The website is freely available at . It runs on a Linux server with Apache and MySQL.
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DOI：
10.1073/pnas.011404098
发表时间：
2001-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Li, C;Wong, WH
通讯作者：
Wong, WH
影响因子：
5.8
作者：
Pounds, S;Cheng, C
通讯作者：
Cheng, C
影响因子：
2.1
作者：
Irizarry, RA;Hobbs, B;Speed, TP
通讯作者：
Speed, TP
影响因子：
5.8
作者：
Stoyanova, R;Querec, TD;Patriotis, C
通讯作者：
Patriotis, C
影响因子：
4.8
作者：
Wang, YP;Yu, QJ;McClelland, M
通讯作者：
McClelland, M