Phenomenological partial-specific volumes for G-quadruplex DNAs.
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DOI：
10.1007/s00249-009-0411-7
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发表时间：
2010-02
影响因子：
2
通讯作者：
Fried, Michael Gregory
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hellman, Lance M.;Rodgers, David W.;Fried, Michael Gregory
沉降速度和沉降平衡分析需要精确的偏比容（ν ε）值。对于核酸，这些值的估计是复杂的，因为ν τ取决于碱基组成、二级结构、溶剂化作用以及周围缓冲液中离子的浓度和身份。本文描述了两个G-四链体DNA和一个具有相似分子量和碱基组成的单链DNA的表观等电位部分比容φ′的沉降平衡测量。G-四链体DNA是人端粒共有序列的22个核苷酸片段和来自人c-myc启动子的27个核苷酸片段。单链DNA是26个核苷酸长，并且被设计成具有形成二级结构的低倾向。在含NaCl的缓冲液和含KCl的缓冲液中进行平行测量，范围为0.09 M ≤ [盐] ≤ 2.3 M。外推至[盐] = 0 M时，φ′的极限值为：22-mer（NaCl形式），0.525 ± 0.004 mL/g; 22-mer（KCl形式），0.531 ± 0.006 mL/g; 27-mer（NaCl形式），0.548 ± 0.005 mL/g; 27-mer（KCl形式），0.557 ± 0.006 mL/g; 26-mer（NaCl形式），0.555 ± 0.004 mL/g; 26-mer（KCl形式），0.564 ± 0.006 mL/g。φ′随[盐]的微小变化表明，在这些浓度范围内，缔合或水合作用不太可能发生大的变化。
Accurate partial specific volume (ν̄) values are required for sedimentation velocity and sedimentation equilibrium analyses. For nucleic acids, the estimation of these values is complicated by the fact that ν̄ depends on base composition, secondary structure, solvation and the concentrations and identities of ions in the surrounding buffer. Here we describe sedimentation equilibrium measurements of the apparent isopotential partial specific volume φ′ for two G-quadruplex DNAs and a single-stranded DNA of similar molecular weight and base composition. The G-quadruplex DNAs are a 22 nucleotide fragment of the human telomere consensus sequence and a 27 nucleotide fragment from the human c-myc promoter. The single-stranded DNA is 26 nucleotides long and is designed to have low propensity to form secondary structures. Parallel measurements were made in buffers containing NaCl and in buffers containing KCl, spanning the range 0.09M ≤ [salt] ≤ 2.3M. Limiting values of φ′, extrapolated to [salt] = 0M, were: 22-mer (NaCl-form), 0.525 ± 0.004 mL/g; 22-mer (KCl-form), 0.531 ± 0.006 mL/g; 27-mer (NaCl-form), 0.548 ± 0.005 mL/g; 27-mer (KCl-form), 0.557 ± 0.006 mL/g; 26-mer (NaCl-form), 0.555 ± 0.004 mL/g; 26-mer (KCl-form), 0.564 ± 0.006 mL/g. Small changes in φ′ with [salt] suggest that large changes in counterion association or hydration are unlikely to take place over these concentration ranges.
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