The Integrated Genome Browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets.
The Integrated Genome Browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp472
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发表时间：
2009-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Loraine AE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nicol JW;Helt GA;Blanchard SG Jr;Raja A;Loraine AE
总结：调查整个基因组的实验技术需要灵活、高度交互的可视化工具，这些工具可以在基础数据集（如参考基因注释）旁边显示新数据。集成基因组浏览器（IGB）旨在满足这一需求。IGB是一个用Java实现的开源桌面图形显示工具，支持实时缩放和平移基因组;在可移动、可调整的层中布局基因组特征和数据集;从远程Web服务器或本地文件加载增量或基因组规模的数据;以及通过基因组图动态操纵定量数据。可用性：应用程序和源代码可从http://igb.bioviz.org和http://genoviz.sourceforge.net获得。联系方式：aloraine@uncc.edu
Summary: Experimental techniques that survey an entire genome demand flexible, highly interactive visualization tools that can display new data alongside foundation datasets, such as reference gene annotations. The Integrated Genome Browser (IGB) aims to meet this need. IGB is an open source, desktop graphical display tool implemented in Java that supports real-time zooming and panning through a genome; layout of genomic features and datasets in moveable, adjustable tiers; incremental or genome-scale data loading from remote web servers or local files; and dynamic manipulation of quantitative data via genome graphs. Availability: The application and source code are available from http://igb.bioviz.org and http://genoviz.sourceforge.net. Contact: aloraine@uncc.edu
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