Dynamical view of membrane binding and complex formation of human factor VIIa and tissue factor.
Dynamical view of membrane binding and complex formation of human factor VIIa and tissue factor.
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DOI：
10.1111/j.1538-7836.2010.03826.x
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发表时间：
2010-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tajkhorshid E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ohkubo YZ;Morrissey JH;Tajkhorshid E
组织因子（TF）增强因子VIIa（FVIIa）酶活性的分子机制尚未完全了解，主要是由于缺乏TF：FVIIa复合物膜结合形式的原子模型。构建TF：FVIIa复合物的第一个膜结合模型，并使用大规模分子动力学（MD）模拟全原子细节研究溶液中和阴离子膜表面上复合物的动力学。构建TF：FVIIa复合物和单个因子的膜结合模型并进行MD模拟，以表征蛋白质-蛋白质和蛋白质-脂质相互作用并研究TF和FVIIa的动力学。MD轨迹显示，孤立FVIIa经历了大的结构波动，主要是由于其域之间的铰链运动，而sTF是结构稳定的。在复合物形成后，sTF显著限制FVIIa的运动。结果还表明，在膜结合形式中，sTF直接与脂质头部基团相互作用，即使在不存在FVIIa的情况下。第一个原子模型的膜结合的sTF：FVIIa，FVIIa，和sTF，揭示sTF直接接触的脂质，无论是在分离的形式和复杂的FVIIa。sTF与FVIIa结合的主要作用是FVIIa催化位点的空间稳定，这确保了与底物因子X的最佳相互作用。
The molecular mechanism of enhancement of the enzymatic activity of factor VIIa (FVIIa) by tissue factor (TF) is not fully understood, primarily due to the lack of atomic models for the membrane-bound form of the TF:FVIIa complex. To construct the first membrane-bound model of the TF:FVIIa complex and to investigate the dynamics of the complex in solution and on the surface of anionic membranes using large-scale molecular dynamics (MD) simulations in full atomic detail. Membrane-bound models of the TF:FVIIa complex and the individual factors were constructed and subjected to MD simulations, in order to characterize protein-protein and protein-lipid interactions and to investigate the dynamics of TF and FVIIa. The MD trajectories reveal that isolated FVIIa undergoes large structural fluctuation primarily due to the hinge motions between its domains, while sTF is structurally stable. Upon complex formation, sTF restricts the motion of FVIIa significantly. The results also show that, in the membrane-bound form, sTF directly interacts with the lipid head groups, even in the absence of FVIIa. The first atomic models of membrane-bound sTF:FVIIa, FVIIa, and sTF are presented, revealing sTF direct contacts with the lipids, both in the isolated form and in complex with FVIIa. The main effect of sTF binding to FVIIa is spatial stabilization of the catalytic site of FVIIa, which ensures optimal interaction with the substrate, factor X.
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影响因子：
4.8
作者：
Huang, MD;Furie, BC;Furie, B
通讯作者：
Furie, B
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2.9
作者：
Kirchhofer, D;Lipari, MT;Kelley, RF
通讯作者：
Kelley, RF
DOI：
10.1046/j.1432-1033.2003.03625.x
发表时间：
2003-06-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Carlsson, K;Freskgård, PO;Svensson, M
通讯作者：
Svensson, M
影响因子：
64.8
作者：
HARLOS, K;MARTIN, DMA;BOYS, CWG
通讯作者：
BOYS, CWG
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作者：
FELLER, SE;ZHANG, YH;BROOKS, BR
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BROOKS, BR