Domain-level rocking motion within a polymerase that translocates on single-stranded nucleic acid.
Domain-level rocking motion within a polymerase that translocates on single-stranded nucleic acid.
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在单链核酸上易位的聚合酶内的域水平摇摆运动。
DOI：
10.1107/s0907444913000346
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gershon,PaulDavid
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li,Huiyung;Li,Changzheng;Zhou,Sufeng;Poulos,ThomasL;Gershon,PaulDavid
痘苗病毒多(A)聚合酶(VP55)是目前已知的唯一一种可与单链核酸(SsNA)独立易位的聚合酶。以前，它的结构只在VP39处理因子的背景下被解决。在这里，未连接单体VP55的晶体结构被解析到2.86 ä分辨率，显示出VP55或其加工性因子(VP39)之间的第一个主干结构异构体。VP55的两个分子在不对称单元中的骨架差异表明，未连接的单体VP55可以经历N-末端结构域相对于另外两个结构域的“摇摆”运动，这可能在VP39对接时被“僵化”。这一观察结果与先前证明的单体相对于核酸易位的实验分子动力学是一致的，并且在有和没有加工因子VP39的情况下有不同的易位机制。在没有配体的情况下，VP55的侧链构象发生了变化，出现在关键的引物接触点和催化中心。目前的结构完成了VP55和VP39的三种可能的结构形式，即VP39单体、VP39-VP55杂二聚体和VP55单体。
Vaccinia virus poly(A) polymerase (VP55) is the only known polymerase that can translocate independently with respect to single-stranded nucleic acid (ssNA). Previously, its structure has only been solved in the context of the VP39 processivity factor. Here, a crystal structure of unliganded monomeric VP55 has been solved to 2.86 Å resolution, showing the first backbone structural isoforms among either VP55 or its processivity factor (VP39). Backbone differences between the two molecules of VP55 in the asymmetric unit indicated that unliganded monomeric VP55 can undergo a `rocking' motion of the N-terminal domain with respect to the other two domains, which may be `rigidified' upon VP39 docking. This observation is consistent with previously demonstrated experimental molecular dynamics of the monomer during translocation with respect to nucleic acid and with different mechanisms of translocation in the presence and absence of processivity factor VP39. Side-chain conformational changes in the absence of ligand were observed at a key primer contact site and at the catalytic center of VP55. The current structure completes the trio of possible structural forms for VP55 and VP39, namely the VP39 monomer, the VP39–VP55 heterodimer and the VP55 monomer.
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双功能痘苗病毒 RNA 修饰蛋白 VP39 表面上的聚腺苷酸化特异性 RNA 接触位点与 mRNA 5 末端结合“裂口”不同。
DOI：
10.1006/jmbi.1998.2417
发表时间：
1999
期刊：
Journal of molecular biology.
影响因子：
--
作者：
Deng,L;Johnson,L;Neveu,JM;Hardin,S;Wang,SM;Lane,WS;Gershon,PD
通讯作者：
Gershon,PD
一致。
DOI：
10.1097/iae.0000000000001602
发表时间：
2017
期刊：
Retina (Philadelphia, Pa.)
影响因子：
--
作者：
Todorich,Bozho;Thanos,Aristomenis;Yonekawa,Yoshihiro;Thomas,BenjaminJ;Faia,LisaJ;Chang,Emmanuel;Shulman,Julia;Olsen,KarlR;Blair,MichaelP;Shapiro,MichaelP;Ferrone,Philip;Vajzovic,Lejla;Toth,CynthiaA;Lee,ThomasC;Robinson,
通讯作者：
Robinson,
痘苗病毒编码的聚腺苷酸聚合酶的 VP39 亚基刺激聚腺苷酸尾部伸长。
DOI：
10.1016/s0021-9258(18)53982-x
发表时间：
1993
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
P. Gershon;B. Moss
通讯作者：
B. Moss
影响因子：
64.5
作者：
GERSHON, PD;AHN, BY;MOSS, B
通讯作者：
MOSS, B
非模板聚合酶的分子灵活性和不连续易位。
DOI：
10.1016/j.jmb.2004.01.058
发表时间：
2004
期刊：
Journal of molecular biology.
影响因子：
--
作者：
Johnson,L;Liu,S;Gershon,PD
通讯作者：
Gershon,PD