An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends.
An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends.
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DOI：
10.1038/nature21374
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发表时间：
2017-03-09
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Forrest AR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hon CC;Ramilowski JA;Harshbarger J;Bertin N;Rackham OJ;Gough J;Denisenko E;Schmeier S;Poulsen TM;Severin J;Lizio M;Kawaji H;Kasukawa T;Itoh M;Burroughs AM;Noma S;Djebali S;Alam T;Medvedeva YA;Testa AC;Lipovich L;Yip CW;Abugessaisa I;Mendez M;Hasegawa A;Tang D;Lassmann T;Heutink P;Babina M;Wells CA;Kojima S;Nakamura Y;Suzuki H;Daub CO;de Hoon MJ;Arner E;Hayashizaki Y;Carninci P;Forrest AR
长链非编码RNA（lncRNA）在很大程度上是异质的并且功能上未被表征。在这里，使用FANTOM 5 cap基因表达分析（CAGE）数据，我们整合了多个转录本集合，生成了一个包含27，919个人类lncRNA基因的综合图谱，这些基因具有高置信度的5′端和来自主要人类原代细胞类型和组织的1，829个样本的表达谱。这些lncRNA的基因组和表观基因组分类揭示，大多数基因间lncRNA来源于增强子而不是启动子。通过对遗传和表达数据的分析，我们发现与性状相关的单核苷酸多态性重叠的lncRNA在与性状相关的细胞类型中特异性表达，这表明这些lncRNA与多种疾病有关。我们进一步证明，lncRNA重叠表达数量性状基因座（eQTL）相关的单核苷酸多态性的信使RNA与相应的信使RNA共表达，这表明它们在转录调控中的潜在作用。将这些发现与保守数据相结合，我们在人类基因组中识别出19，175个潜在功能性lncRNA。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are largely heterogeneous and functionally uncharacterized. Here, using FANTOM5 cap analysis of gene expression (CAGE) data, we integrate multiple transcript collections to generate a comprehensive atlas of 27,919 human lncRNA genes with high-confidence 5′ ends and expression profiles across 1,829 samples from the major human primary cell types and tissues. Genomic and epigenomic classification of these lncRNAs reveals that most intergenic lncRNAs originate from enhancers rather than from promoters. Incorporating genetic and expression data, we show that lncRNAs overlapping trait-associated single nucleotide polymorphisms are specifically expressed in cell types relevant to the traits, implicating these lncRNAs in multiple diseases. We further demonstrate that lncRNAs overlapping expression quantitative trait loci (eQTL)-associated single nucleotide polymorphisms of messenger RNAs are co-expressed with the corresponding messenger RNAs, suggesting their potential roles in transcriptional regulation. Combining these findings with conservation data, we identify 19,175 potentially functional lncRNAs in the human genome.
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作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
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Hayashizaki, Y
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