Universal NicE-seq for high-resolution accessible chromatin profiling for formaldehyde-fixed and FFPE tissues.
Universal NicE-seq for high-resolution accessible chromatin profiling for formaldehyde-fixed and FFPE tissues.
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DOI：
10.1186/s13148-020-00921-6
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发表时间：
2020-09-22
影响因子：
5.7
通讯作者：
Pradhan S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chin HG;Sun Z;Vishnu US;Hao P;Cejas P;Spracklin G;Estève PO;Xu SY;Long HW;Pradhan S
可染色质在基因表达和染色质结构中起核心作用。目前的可接近染色质方法依赖于可接近DNA处的有限消化/切割和粘贴衔接子，因此需要额外的材料和时间进行优化。通用NiceE-seq（UniNiceE-seq）是一种改进的可访问的染色质分析方法，它取消了优化步骤，适用于各种哺乳动物细胞和组织。在可接近的染色质标记和珠上文库制备步骤期间添加5-甲基脱氧胞苷三磷酸显著改善了信噪比，同时保护可接近的区域免受细胞系、小鼠T细胞、小鼠肾脏和人冷冻组织切片中的重复切口。我们还展示了用于FFPE组织切片的单管UniNiceE-seq，用于直接NGS文库制备，而无需超声处理和DNA纯化步骤。这些改进允许可靠的映射可访问的染色质高分辨率基因组特征研究。
Accessible chromatin plays a central role in gene expression and chromatin architecture. Current accessible chromatin approaches depend on limited digestion/cutting and pasting adaptors at the accessible DNA, thus requiring additional materials and time for optimization. Universal NicE-seq (UniNicE-seq) is an improved accessible chromatin profiling method that negates the optimization step and is suited to a variety of mammalian cells and tissues. Addition of 5-methyldeoxycytidine triphosphate during accessible chromatin labeling and an on-bead library making step substantially improved the signal to noise ratio while protecting the accessible regions from repeated nicking in cell lines, mouse T cells, mouse kidney, and human frozen tissue sections. We also demonstrate one tube UniNicE-seq for the FFPE tissue section for direct NGS library preparation without sonication and DNA purification steps. These refinements allowed reliable mapping of accessible chromatin for high-resolution genomic feature studies.
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