Chipster: user-friendly analysis software for microarray and other high-throughput data.
Chipster: user-friendly analysis software for microarray and other high-throughput data.
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DOI：
10.1186/1471-2164-12-507
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发表时间：
2011-10-14
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Korpelainen EI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kallio MA;Tuimala JT;Hupponen T;Klemelä P;Gentile M;Scheinin I;Koski M;Käki J;Korpelainen EI
随着微阵列和下一代测序等高通量技术的发展，数据分析方法学的研究也越来越活跃，新的分析方法层出不穷。虽然大多数新开发的方法都是免费提供的，但它们的使用需要大量的计算技能。为了使非编程生物学家能够及时从方法开发中受益，我们创建了Chipster软件。Chipster（http：//chipster.csc.fi/）通过其直观的图形用户界面为生物科学家提供了强大的数据分析方法。用户可以分析和整合不同的数据类型，如基因表达，miRNA和aCGH。分析功能还辅以丰富的交互式可视化，允许用户选择数据点并基于这些选择创建新的基因列表。重要的是，用户可以将执行的分析步骤保存为可重复使用的自动工作流，也可以与其他用户共享。作为一个通用的和易于扩展的平台，Chipster可用于微阵列，蛋白质组学和测序数据。在这篇文章中，我们描述了它的全面收集的分析和可视化工具的微阵列数据使用三个案例研究。Chipster是一款用户友好的高通量数据分析软件。其直观的图形用户界面使生物学家能够访问强大的数据分析和集成工具，并以交互方式可视化数据。用户可以通过共享分析会话和工作流进行协作。Chipster是开源的，服务器安装包是免费提供的。
The growth of high-throughput technologies such as microarrays and next generation sequencing has been accompanied by active research in data analysis methodology, producing new analysis methods at a rapid pace. While most of the newly developed methods are freely available, their use requires substantial computational skills. In order to enable non-programming biologists to benefit from the method development in a timely manner, we have created the Chipster software. Chipster (http://chipster.csc.fi/) brings a powerful collection of data analysis methods within the reach of bioscientists via its intuitive graphical user interface. Users can analyze and integrate different data types such as gene expression, miRNA and aCGH. The analysis functionality is complemented with rich interactive visualizations, allowing users to select datapoints and create new gene lists based on these selections. Importantly, users can save the performed analysis steps as reusable, automatic workflows, which can also be shared with other users. Being a versatile and easily extendable platform, Chipster can be used for microarray, proteomics and sequencing data. In this article we describe its comprehensive collection of analysis and visualization tools for microarray data using three case studies. Chipster is a user-friendly analysis software for high-throughput data. Its intuitive graphical user interface enables biologists to access a powerful collection of data analysis and integration tools, and to visualize data interactively. Users can collaborate by sharing analysis sessions and workflows. Chipster is open source, and the server installation package is freely available.
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影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
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Iafrate, AJ;Feuk, L;Lee, C
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Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Evangelista C;Kim IF;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Holko M;Ayanbule O;Yefanov A;Soboleva A
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Soboleva A
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Parkinson H;Sarkans U;Kolesnikov N;Abeygunawardena N;Burdett T;Dylag M;Emam I;Farne A;Hastings E;Holloway E;Kurbatova N;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rustici G;Sharma A;Williams E;Adamusiak T;Brandizi M;Sklyar N;Brazma A
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作者：
Barry, WT;Nobel, AB;Wright, FA
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