Integrating T cell receptor sequences and transcriptional profiles by clonotype neighbor graph analysis (CoNGA).
Integrating T cell receptor sequences and transcriptional profiles by clonotype neighbor graph analysis (CoNGA).
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DOI：
10.1038/s41587-021-00989-2
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发表时间：
2022-01
影响因子：
46.9
通讯作者：
Bradley P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schattgen SA;Guion K;Crawford JC;Souquette A;Barrio AM;Stubbington MJT;Thomas PG;Bradley P
T 细胞克隆型（由 T 细胞受体 (TCR) 序列定义）与表型（反映在基因表达谱、表面蛋白表达和肽：MHC 结合中）之间的联系可以揭示克隆相关细胞所共有的特征之外的功能关系。我们提出了克隆型邻域图分析 (CoNGA)，这是一种图论方法，通过对基因表达和 TCR 相似性图进行统计分析来识别基因表达谱和 TCR 序列之间的无偏相关性。使用 CoNGA，我们发现了 TCR 序列和基因表达谱之间的关联，其中包括先前未描述的人类循环 CD8+ T 细胞的“天然淋巴细胞”群体以及胸腺细胞分化的一组 TCR 序列决定因素。这些例子表明，CoNGA 可能有助于阐明大型异质单细胞数据集中 TCR 序列和 T 细胞表型之间的复杂关系。
Links between T cell clonotypes, as defined by T cell receptor (TCR) sequences, and phenotype, as reflected in gene expression profiles, surface protein expression, and peptide:MHC binding, can reveal functional relationships beyond the features shared by clonally related cells. We present clonotype neighbor-graph analysis (CoNGA), a graph-theoretic approach that identifies unbiased correlations between gene expression profile and TCR sequence through statistical analysis of gene expression and TCR similarity graphs. Using CoNGA, we uncovered associations between TCR sequence and gene expression profiles that include a previously undescribed ‘natural lymphocyte’ population of human circulating CD8+ T cells and a set of TCR sequence determinants of differentiation in thymocytes. These examples show that CoNGA may help elucidate complex relationships between TCR sequence and T cell phenotype in large, heterogeneous single-cell datasets.
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影响因子：
30.8
作者：
Emerson, Ryan O.;DeWitt, William S.;Robins, Harlan S.
通讯作者：
Robins, Harlan S.
DOI：
10.1073/pnas.0408677102
发表时间：
2005-05-03
影响因子：
11.1
作者：
Atchley, WR;Zhao, JP;Drüke, T
通讯作者：
Drüke, T
影响因子：
2.9
作者：
Dunker, AK;Lawson, JD;Obradovic, Z
通讯作者：
Obradovic, Z
影响因子：
5.5
作者：
Li, Hoi Ming;Hiroi, Toyoko;Weng, Nan-ping
通讯作者：
Weng, Nan-ping
影响因子：
5.8
作者：
Hillje, Roman;Pelicci, Pier Giuseppe;Luzi, Lucilla
通讯作者：
Luzi, Lucilla