Warping and alignment technologies for inter-sample feature correspondence in 1D H-NMR, chromatography-, and capillary electrophoresis-mass spectrometry data
Warping and alignment technologies for inter-sample feature correspondence in 1D H-NMR, chromatography-, and capillary electrophoresis-mass spectrometry data
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1D H-NMR、色谱和毛细管电泳质谱数据中样品间特征对应的扭曲和对齐技术
DOI：
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
K. Åberg
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
R. Torgrip;E. Alm;K. Åberg
综合分析是分析生物样品的新兴且有趣的模式。假设是通过测量生物来源样品中尽可能多的分析物的丰度，可以获得关于生物调节和途径的新知识。这一假说是组学科学的基石之一。综合测量通常通过几乎完整的生物流体和组织的H-NMR或联用质谱来进行。这些测量产生的数据非常复杂，包含数千个分析物信号，需要自动信息提取。这种信息提取的成功取决于许多步骤，并且最关键的步骤是解决样品间对应性问题，即来自不同样品的分析物在测量数据中不同步。这个问题妨碍了数据分析管道，因为它在所提取的丰度数据中引入了误差。补救措施通常是繁琐的手动检查分析物同步。在本文中，我们解决自动化的方法来解决样本间的对应问题时，分析数据从全面的测量，即同步方法。我们在这里提出了一个审查的基础上的方法分类，复杂性，并概述了当前的解决方案技术。
Comprehensive analysis is an emerging and interesting mode of analyzing biological samples. The hypothesis is that by measuring the abundance of as many analytes as possible in samples of biological origin, new knowledge about biological regulation and pathways and can be gained. This hypothesis is one of the cornerstones of the -omics sciences. The comprehensive measurements are usually performed by H-NMR or hyphenated mass spectrometry of almost intact biofluids and tissues. The data generated from these measurements are very complex, containing thousands of analyte signals, necessitating automatic information extraction. The success of this information extraction is dependent on many steps and a most crucial step is solving the inter-sample correspondence problem, i.e. that analytes from different samples are unsynchronized in the measured data. This problem hampers the data-analysis pipeline by introducing errors in the resulting extracted abundance data. The remedy is usually tedious manual inspection for analyte synchronization. In this paper, we address automated methods for addressing the inter-sample correspondence problem when analyzing data from comprehensive measurements, i.e. synchronization methods. We here present a review based on methods taxonomy, complexity, and an overview of current solution technologies available.
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