Translational bioinformatics in the cloud: an affordable alternative.
Translational bioinformatics in the cloud: an affordable alternative.
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DOI：
10.1186/gm172
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发表时间：
2010-08-06
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Butte AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dudley JT;Pouliot Y;Chen R;Morgan AA;Butte AJ
随着可公开获得的基因组数据的持续指数性增长和获得用于分析患者群体的低成本、高通量的分子技术，计算技术和信息学正成为基因组医学中的重要考虑因素。尽管云计算技术被誉为基因组研究未来的关键使能技术，但现有的案例研究仅限于高通量序列数据分析领域的应用。这项研究的目的是评估云计算在执行大规模数据集成和分析具有代表性的基因组医学研究问题时的计算和经济特性。我们发现，与本地计算集群相比，基于云的分析在性能和成本上都更有利，这表明云计算技术可能是促进大规模基因组医学转化研究的可行资源。
With the continued exponential expansion of publicly available genomic data and access to low-cost, high-throughput molecular technologies for profiling patient populations, computational technologies and informatics are becoming vital considerations in genomic medicine. Although cloud computing technology is being heralded as a key enabling technology for the future of genomic research, available case studies are limited to applications in the domain of high-throughput sequence data analysis. The goal of this study was to evaluate the computational and economic characteristics of cloud computing in performing a large-scale data integration and analysis representative of research problems in genomic medicine. We find that the cloud-based analysis compares favorably in both performance and cost in comparison to a local computational cluster, suggesting that cloud computing technologies might be a viable resource for facilitating large-scale translational research in genomic medicine.
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影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
DOI：
10.1197/jamia.m2824
发表时间：
2008-11-01
影响因子：
6.4
作者：
Butte, Atul J.
通讯作者：
Butte, Atul J.
NCBI GEO：开采数以百万计的表达概况 - 数据库和工具更新。
影响因子：
14.9
作者：
Barrett, Tanya;Troup, Dennis B.;Wilhite, Stephen E.;Ledoux, Pierre;Rudnev, Dmitry;Evangelista, Carlos;Kim, Irene F.;Soboleva, Alexandra;Tomashevsky, Maxim;Edgar, Ron
通讯作者：
Edgar, Ron
影响因子：
9.9
作者：
Dudley JT;Tibshirani R;Deshpande T;Butte AJ
通讯作者：
Butte AJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp236
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Schatz MC
通讯作者：
Schatz MC