RSAT 2015: Regulatory Sequence Analysis Tools.
RSAT 2015: Regulatory Sequence Analysis Tools.
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DOI：
10.1093/nar/gkv362
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
van Helden J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Medina-Rivera A;Defrance M;Sand O;Herrmann C;Castro-Mondragon JA;Delerce J;Jaeger S;Blanchet C;Vincens P;Caron C;Staines DM;Contreras-Moreira B;Artufel M;Charbonnier-Khamvongsa L;Hernandez C;Thieffry D;Thomas-Chollier M;van Helden J
RSAT（调控序列分析工具）是一个模块化的软件套件，用于分析基因组序列中的顺式调控元件。它的主要应用是(i)基序发现，适用于ChIP-seq等全基因组数据集，（ii）转录因子结合基序分析（质量评估、比较和聚类），（iii）比较基因组学和（iv）调控变异分析。在2011年NAR网络软件问题中描述的43个程序的基础上增加了9个新程序，包括从坐标列表中提取序列的工具（从UCSC获取序列），专门分析来自GWAS或群体基因组学的调节变异的新程序（检索-变异-seq和变异-扫描），将基序聚类并将相似性可视化为树的程序（矩阵聚类）。为了应对已测序基因组的急剧增加，RSAT公共站点已被重组为特定分类群的服务器。该套件有很好的文档，包括教程和已发布的协议。该软件套件可通过Web站点、SOAP/WSDL Web服务、虚拟机和独立程序在http://www.rsat.eu/上获得。
RSAT (Regulatory Sequence Analysis Tools) is a modular software suite for the analysis of cis-regulatory elements in genome sequences. Its main applications are (i) motif discovery, appropriate to genome-wide data sets like ChIP-seq, (ii) transcription factor binding motif analysis (quality assessment, comparisons and clustering), (iii) comparative genomics and (iv) analysis of regulatory variations. Nine new programs have been added to the 43 described in the 2011 NAR Web Software Issue, including a tool to extract sequences from a list of coordinates (fetch-sequences from UCSC), novel programs dedicated to the analysis of regulatory variants from GWAS or population genomics (retrieve-variation-seq and variation-scan), a program to cluster motifs and visualize the similarities as trees (matrix-clustering). To deal with the drastic increase of sequenced genomes, RSAT public sites have been reorganized into taxon-specific servers. The suite is well-documented with tutorials and published protocols. The software suite is available through Web sites, SOAP/WSDL Web services, virtual machines and stand-alone programs at http://www.rsat.eu/.
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影响因子：
14.9
作者：
Salgado H;Peralta-Gil M;Gama-Castro S;Santos-Zavaleta A;Muñiz-Rascado L;García-Sotelo JS;Weiss V;Solano-Lira H;Martínez-Flores I;Medina-Rivera A;Salgado-Osorio G;Alquicira-Hernández S;Alquicira-Hernández K;López-Fuentes A;Porrón-Sotelo L;Huerta AM;Bonavides-Martínez C;Balderas-Martínez YI;Pannier L;Olvera M;Labastida A;Jiménez-Jacinto V;Vega-Alvarado L;Del Moral-Chávez V;Hernández-Alvarez A;Morett E;Collado-Vides J
通讯作者：
Collado-Vides J
影响因子：
5.8
作者：
Sand, Olivier;Thomas-Chollier, Morgane;van Helden, Jacques
通讯作者：
van Helden, Jacques
影响因子：
7
作者：
Li X;Zhu C;Yeh CT;Wu W;Takacs EM;Petsch KA;Tian F;Bai G;Buckler ES;Muehlbauer GJ;Timmermans MC;Scanlon MJ;Schnable PS;Yu J
通讯作者：
Yu J
影响因子：
14.8
作者：
Sand, Olivier;Thomas-Chollier, Morgane;van Helden, Jacques
通讯作者：
van Helden, Jacques
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS