Phylogenetic profiles reveal structural/functional determinants of TRPC3 signal-sensing antennae
Phylogenetic profiles reveal structural/functional determinants of TRPC3 signal-sensing antennae
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系统发育谱揭示了 TRPC3 信号传感天线的结构/功能决定因素
DOI：
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发表时间：
2009
影响因子：
--
通讯作者：
R. Patterson
中科院分区：
文献类型：
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作者：
K. D. Ko;G. Bhardwaj;Yoojin Hong;G. S. Chang;K. Kiselyov;D. V. van Rossum;R. Patterson
通道结构/功能的生化评估具有极大的挑战性。开发提供这些数据的计算工具将使转化研究成为可能，加速研究离子通道的实验室科学家的机械实验。从蛋白质序列编码结构、功能和进化（SF&E）信息的前提出发，我们开发了一个统一的框架，使用基于知识的方法从序列信息推断SF&E。完形域检测算法--基本局部对齐工具（GDDA-BLAST）提供了系统发育谱，可以在整个蛋白质、单个结构域和单个氨基酸水平上对生物序列的从头开始SF&E关系进行建模。1，2在我们最近的论文中，4我们已经应用GDDA-BLAST分析来研究典型的TRP（TRPC）通道1和经验验证的预测的脂质。结合和运输活动包含在TRPC 3 TRP_2结构域的未知功能。总的来说，我们的计算机模拟，体外和体内实验支持一个模型，其中TRPC 3具有装饰有脂质结合，运输和钙调蛋白调节结构域的信号传感天线。在本附录中，我们将我们的功能结构域分析与TRPC 3.3的cryo-EM结构相关联。此外，我们将最近的研究与我们的新发现相结合，以提供TRPC 3激活/失活机制的精细模型。
Biochemical assessment of channel structure/function is incredibly challenging. Developing computational tools that provide these data would enable translational research, accelerating mechanistic experimentation for the bench scientist studying ion channels. Starting with the premise that protein sequence encodes information about structure, function and evolution (SF&E), we developed a unified framework for inferring SF&E from sequence information using a knowledge-based approach. The Gestalt Domain Detection Algorithm-Basic Local Alignment Tool (GDDA-BLAST) provides phylogenetic profiles that can model, ab initio, SF&E relationships of biological sequences at the whole protein, single domain, and single-amino acid level.1,2 In our recent paper,4 we have applied GDDA-BLAST analysis to study canonical TRP (TRPC) channels1 and empirically validated predicted lipid-binding and trafficking activities contained within the TRPC3 TRP_2 domain of unknown function. Overall, our in silico, in vitro, and in vivo experiments support a model in which TRPC3 has signal-sensing antennae which are adorned with lipid-binding, trafficking, and calmodulin regulatory domains. In this Addendum, we correlate our functional domain analysis with the cryo-EM structure of TRPC3.3 In addition, we synthesize recent studies with our new findings to provide a refined model on the mechanism(s) of TRPC3 activation/deactivation.
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影响因子：
16
作者：
Kwon, Young;Hofmann, Thomas;Montell, Craig
通讯作者：
Montell, Craig
VAMP2 依赖性胞吐作用调节 TRPC3 通道的质膜插入，并有助于激动剂刺激的 Ca2 流入。
影响因子：
16
作者：
Singh,BrijB;Lockwich,TimothyP;Bandyopadhyay,BidhanC;Liu,Xibao;Bollimuntha,Sunitha;Brazer,So-Ching;Combs,Christian;Das,Sunit;Leenders,AGMiriam;Sheng,Zu-Hang;Knepper,MarkA;Ambudkar,SureshV;Ambudkar,InduS
通讯作者：
Ambudkar,InduS
影响因子：
16
作者：
Kiselyov, K;Mignery, GA;Muallem, S
通讯作者：
Muallem, S
DOI：
10.1073/pnas.96.26.14955
发表时间：
1999-12-21
影响因子：
11.1
作者：
Boulay, G;Brown, DM;Birnbaumer, L
通讯作者：
Birnbaumer, L