Evaluation of novel genomic markers for pedigree construction in an isolated population of Weddell Seals (Leptonychotes weddellii) at White Island, Antarctica
Evaluation of novel genomic markers for pedigree construction in an isolated population of Weddell Seals (Leptonychotes weddellii) at White Island, Antarctica
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评估用于南极洲怀特岛威德尔海豹 (Leptonychotes weddellii) 分离种群谱系构建的新型基因组标记
DOI：
10.1007/s12686-021-01237-0
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发表时间：
2022
影响因子：
1.1
通讯作者：
Davis, Corey S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Miller, Joshua M.;Campbell, Erin O.;Rotella, Jay J.;Macdonald, Kaitlin R.;Gelatt, Thomas S.;Davis, Corey S.
系谱学在经典遗传学、农学、进化生态学和迁地圈养育种方面有着悠久的历史。分子生物学技术的应用扩大了可以建立谱系的物种种类。然而，分子谱系几乎只考虑微卫星位点，尽管高通量测序的进展允许在几乎任何生物体中开发基因组标记集。在这里，我们产生了一套新的基因组SNP来自ddRAD测序在两个群体的威德尔海豹（Leptonychotes weddellii），并描述它们之间的多样性和分化。然后，我们比较和对比亲子关系的分配率和准确性，在一个人口一直是长期监测的主题。具体来说，我们考虑使用两组标记（微卫星和SNP），两个谱系构建软件（CERVUS而不是Sequoia），以及不同的候选父母分组（所有个体同时，只有在焦点年之前出生的个体，或者只有已知存活到焦点年的个体）构建谱系。ddRAD测序在1568和3240个位点之间返回，这取决于是否同时或单独考虑两个群体。使用CERVUS的亲子鉴定率总是高于Sequoia，后者有时要么不分配亲子鉴定，要么创建“推断的父母”。在所有情况下，“极化”数据集（例如，包括出生年份）显著改善了分配。这代表了在同一组个体中使用不同标记进行谱系构建的第一个直接比较，这里描述的SNP将成为继续谱系构建和未来威德尔海豹研究的资源。
Pedigrees have a long history in classical genetics, agronomics, evolutionary ecology, and ex situ captive breeding. Use of molecular techniques has expanded the variety of species for which pedigrees can be constructed. However, molecular pedigrees almost exclusively consider microsatellite loci, despite advances in high-throughput sequencing allowing development of genomic marker sets in nearly any organism. Here we generate a novel set of genomic SNPs derived from ddRAD sequencing in two populations of Weddell seals (Leptonychotes weddellii) and describe the diversity and differentiation between them. We then compare and contrast parentage assignment rates and accuracy in one population that has been the subject of long-term monitoring. Specifically, we consider pedigrees constructed using two sets of markers (microsatellites and SNPs), two pedigree construction software (CERVUS than Sequoia), as well as varying the groupings of candidate parents (either all individuals simultaneously, only individuals born before a focal year, or only individuals known to have survived to a focal year). ddRAD sequencing returned between 1568 and 3240 loci depending on whether both populations were considered simultaneously or individually. Parentage assignment rates were always higher using CERVUS than Sequoia, with the latter at times either not assigning parentage or creating “inferred parents”. In all cases, “polarizing” the datasets (e.g., including year of birth) significantly improved assignments. This represents one of the first direct comparisons of pedigree construction using different markers in the same set of individuals, and the SNPs described here will be a resource for continued pedigree construction, and future research in Weddell seals.
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DOI：
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发表时间：
1972
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影响因子：
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作者：
I. Stirling
通讯作者：
I. Stirling
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DOI：
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发表时间：
1999
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J. Testa;B. D. Scotton
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B. D. Scotton
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4.9
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Zachary G. MacDonald;J. Dupuis;C. Davis;J. Acorn;S. Nielsen;F. Sperling
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F. Sperling
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10.1073/pnas.0507205102
发表时间：
2005-11-15
影响因子：
11.1
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Hossaert-McKey, M
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Elise Rioux-Paquette;M. Festa‐Bianchet;D. Coltman
通讯作者：
Elise Rioux-Paquette;M. Festa‐Bianchet;D. Coltman