Unifying candidate gene and GWAS Approaches in Asthma.
Unifying candidate gene and GWAS Approaches in Asthma.
复制标题
统一哮喘候选基因和 GWAS 方法。
DOI：
10.1371/journal.pone.0013894
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发表时间：
2010-11-12
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kabesch M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Michel S;Liang L;Depner M;Klopp N;Ruether A;Kumar A;Schedel M;Vogelberg C;von Mutius E;von Berg A;Bufe A;Rietschel E;Heinzmann A;Laub O;Simma B;Frischer T;Genuneit J;Gut IG;Schreiber S;Lathrop M;Illig T;Kabesch M
首次对儿童哮喘进行的全基因组关联研究发现了染色体17q21上含有ORMDL3基因的一个新的主要易感基因，但先前哮喘候选基因的作用在这项研究中并未具体分析。在>；3独立研究人群中，我们系统地确定了14个候选基因中的89个SNPs。我们在703名哮喘患者和658名对照儿童中对这些基因中未包括的39个SNPs进行了重新基因分型。将基因分型数据与Illumina Human Hap300芯片基因分型得到的归属数据进行比较。结合结果分析了覆盖全部14个候选基因座的566个SNPs。ADAM33、GSTP1和VdR基因分型的多态效应与p值为0.0035(经多次检验校正后)。结合基因分型和归因分析，DPP10、EDN1、IL12B、IL13、IL4、IL4R和肿瘤坏死因子基因的多态性在p = 0.0035和p = 005之间存在显著的相关性。这些数据表明：(A)对于许多哮喘候选基因，GWAS的覆盖范围不够，(B)基于这些数据的推论是可靠的，但不完整，以及(C)在对14个基因的多项测试进行校正后，三个先前已确定的哮喘候选基因中的SNP在我们的GWAS人群中复制，并具有显著意义。
The first genome wide association study (GWAS) for childhood asthma identified a novel major susceptibility locus on chromosome 17q21 harboring the ORMDL3 gene, but the role of previous asthma candidate genes was not specifically analyzed in this GWAS. We systematically identified 89 SNPs in 14 candidate genes previously associated with asthma in >3 independent study populations. We re-genotyped 39 SNPs in these genes not covered by GWAS performed in 703 asthmatics and 658 reference children. Genotyping data were compared to imputation data derived from Illumina HumanHap300 chip genotyping. Results were combined to analyze 566 SNPs covering all 14 candidate gene loci. Genotyped polymorphisms in ADAM33, GSTP1 and VDR showed effects with p-values <0.0035 (corrected for multiple testing). Combining genotyping and imputation, polymorphisms in DPP10, EDN1, IL12B, IL13, IL4, IL4R and TNF showed associations at a significance level between p = 0.05 and p = 0.0035. These data indicate that (a) GWAS coverage is insufficient for many asthma candidate genes, (b) imputation based on these data is reliable but incomplete, and (c) SNPs in three previously identified asthma candidate genes replicate in our GWAS population with significance after correction for multiple testing in 14 genes.
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