An efficient genotyper and star-allele caller for pharmacogenomics.
An efficient genotyper and star-allele caller for pharmacogenomics.
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DOI：
10.1101/gr.277075.122
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发表时间：
2023-01
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Numanagic, Ibrahim
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hari, Ananth;Zhou, Qinghui;Gonzaludo, Nina;Harting, John;Scott, Stuart A.;Qin, Xiang;Scherer, Steve;Sahinalp, S. Cenk;Numanagic, Ibrahim
高通量测序为确定临床重要药物基因的基因型提供了足够的手段，可用于为个体患者定制医疗决策。然而，药物基因基因分型，也称为星等位基因调用，是一个具有挑战性的问题，需要准确的拷贝数调用，结构变异鉴定，变异调用，并在每个药物基因拷贝中存在的样品内定相。在这里，我们介绍了Aldy 4，一种快速有效的药物基因分型工具，它使用组合优化技术在不同的测序技术中进行准确的星形等位基因调用。Aldy 4增加了对长读段的支持，并使用了新的定相模型和改进的拷贝数和变异识别模型。我们比较了Aldy 4与当前最先进的星形等位基因呼叫器，这些呼叫器使用各种测序技术（如全基因组和靶向Illumina测序，条形码10x Genomics和Pacific Biosciences（PacBio）HiFi）测序的大量不同样本和基因。我们表明，Aldy 4是最准确的星形等位基因呼叫者，在所有评估的情况下具有近乎完美的准确性，并希望Aldy仍然是临床工具箱中的一个宝贵工具，即使随着长读测序技术的出现。
High-throughput sequencing provides sufficient means for determining genotypes of clinically important pharmacogenes that can be used to tailor medical decisions to individual patients. However, pharmacogene genotyping, also known as star-allele calling, is a challenging problem that requires accurate copy number calling, structural variation identification, variant calling, and phasing within each pharmacogene copy present in the sample. Here we introduce Aldy 4, a fast and efficient tool for genotyping pharmacogenes that uses combinatorial optimization for accurate star-allele calling across different sequencing technologies. Aldy 4 adds support for long reads and uses a novel phasing model and improved copy number and variant calling models. We compare Aldy 4 against the current state-of-the-art star-allele callers on a large and diverse set of samples and genes sequenced by various sequencing technologies, such as whole-genome and targeted Illumina sequencing, barcoded 10x Genomics, and Pacific Biosciences (PacBio) HiFi. We show that Aldy 4 is the most accurate star-allele caller with near-perfect accuracy in all evaluated contexts, and hope that Aldy remains an invaluable tool in the clinical toolbox even with the advent of long-read sequencing technologies.
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DOI：
10.1038/s41576-021-00367-3
发表时间：
2021-09
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
De Coster W;Weissensteiner MH;Sedlazeck FJ
通讯作者：
Sedlazeck FJ
DOI：
10.1038/tpj.2014.27
发表时间：
2014-12
期刊：
The pharmacogenomics journal
影响因子：
--
作者：
Fang H;Liu X;Ramírez J;Choudhury N;Kubo M;Im HK;Konkashbaev A;Cox NJ;Ratain MJ;Nakamura Y;O'Donnell PH
通讯作者：
O'Donnell PH
影响因子：
6.7
作者：
Crews, K. R.;Gaedigk, A.;Skaar, T. C.
通讯作者：
Skaar, T. C.
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
2.6
作者：
Kramer, Whitney E.;Walker, Denise L.;Black, John L.
通讯作者：
Black, John L.