Accelerating Steered Molecular Dynamics: Toward Smaller Velocities in Forced Unfolding Simulations.
Accelerating Steered Molecular Dynamics: Toward Smaller Velocities in Forced Unfolding Simulations.
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加速引导分子动力学：在强制展开模拟中走向更小的速度
DOI：
10.1021/acs.jctc.5b01024
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发表时间：
2016
影响因子：
5.5
通讯作者：
H. M. Urbassek
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
C. Mücksch;H. M. Urbassek
强制展开实验的模拟，其中蛋白质被拉开，通常是使用引导分子动力学来完成的。我们在这里提出了一种混合方案，其中加速分子动力学与引导分子动力学一起使用。我们表明，新方案主要在力最大值周围的区域改变了力-距离曲线，从而证明使用加速分子动力学带来的蛋白质-溶剂系统平衡的改善使得模拟与实验数据更具可比性。
The simulation of forced unfolding experiments, in which proteins are pulled apart, is conventionally done using steered molecular dynamics. We present here a hybrid scheme in which accelerated molecular dynamics is used together with steered molecular dynamics. We show that the new scheme changes the force–distance curves mainly in the region around the force maximum and thus demonstrate that the improved equilibration of the protein–solvent system brought about by using accelerated molecular dynamics makes the simulation more comparable to experimental data.
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DOI：
10.1088/1749-4699/4/1/015002
发表时间：
2011-01-01
期刊：
Computational science & discovery
影响因子：
--
作者：
Wang, Yi;Harrison, Christopher B;McCammon, J Andrew
通讯作者：
McCammon, J Andrew
影响因子：
3.4
作者：
Izrailev, S;Stepaniants, S;Schulten, K
通讯作者：
Schulten, K
影响因子：
2.9
作者：
Humphrey, W;Dalke, A;Schulten, K
通讯作者：
Schulten, K
检查时间重新加权和克莱默速率理论的限制，从加速分子动力学中获得正确的动力学。
DOI：
10.1063/1.3432761
发表时间：
2010
期刊：
The Journal of chemical physics
影响因子：
--
作者：
Yao Xin;U. Doshi;D. Hamelberg
通讯作者：
D. Hamelberg