Crystal and solution structures of a prokaryotic M16B peptidase: an open and shut case.
Crystal and solution structures of a prokaryotic M16B peptidase: an open and shut case.
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DOI：
10.1016/j.str.2009.09.009
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发表时间：
2009-11-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smith JW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aleshin AE;Gramatikova S;Hura GL;Bobkov A;Strongin AY;Stec B;Tainer JA;Liddington RC;Smith JW
锌肽酶的M16家族包含一对同源结构域，其形成围绕活性位点的“蛤壳”的两半。M16 A和M16 C亚家族形成一类（“肽酶体”）：它们降解30-70个残基的肽，并采用开放和闭合构象。真核生物M16 B亚家族形成第二类（“加工蛋白酶”）：它们采用单一的部分开放构象，使它们能够从较大的蛋白质中切割信号序列。在这里，我们报告的解决方案和晶体结构的原核M16 B肽酶，并证明它具有这两个类的功能：因此，它在溶液中形成稳定的“开放”的同源二聚体，类似于加工蛋白酶，但蛤壳关闭后结合底物，M16 A/C肽酶体的功能。此外，蛋白水解活性需要蛤壳闭合。我们预测，其他原核M16 B家族成员将形成二聚体肽酶体，并提出了一个模型的M16家族的进化。
The M16 family of zinc peptidases comprises a pair of homologous domains that form two halves of a ‘‘clam-shell’’ surrounding the active site. The M16A and M16C subfamilies form one class (‘‘peptidasomes’’): they degrade 30–70 residue peptides, and adopt both open and closed conformations. The eukaryotic M16B subfamily forms a second class (‘‘processing proteases’’): they adopt a single partly-open conformation that enables them to cleave signal sequences from larger proteins. Here, we report the solution and crystal structures of a prokaryotic M16B peptidase, and demonstrate that it has features of both classes: thus, it forms stable ‘‘open’’ homodimers in solution that resemble the processing proteases; but the clam-shell closes upon binding substrate, a feature of the M16A/C peptidasomes. Moreover, clam-shell closure is required for proteolytic activity. We predict that other prokaryotic M16B family members will form dimeric peptidasomes, and propose a model for the evolution of the M16 family.
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影响因子：
3.7
作者：
Cabrol C;Huzarska MA;Dinolfo C;Rodriguez MC;Reinstatler L;Ni J;Yeh LA;Cuny GD;Stein RL;Selkoe DJ;Leissring MA
通讯作者：
Leissring MA
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
4.8
作者：
Eggleson, KK;Duffin, KL;Goldberg, DE
通讯作者：
Goldberg, DE
影响因子：
6.1
作者：
Konarev, PV;Volkov, VV;Svergun, DI
通讯作者：
Svergun, DI
影响因子：
5.4
作者：
Hedengren-Olcott, M;Byrd, CM;Hruby, DE
通讯作者：
Hruby, DE