小鼠纹状体与视网膜的比较转录组学分析
小鼠纹状体与视网膜的比较转录组学分析
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DOI：
10.3724/sp.j.1249.2020.01017
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
陈建欢
中科院分区：
文献类型：
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作者：
须周恒;朱营利;孙孟菲;魏志远;潘佳琪;潘旭斌;陈建欢
已发现以纹状体多巴胺减少为主要病变之一的帕金森综合症(Parkinson's disease, PD),可能伴有视网膜病理改变.通过分析比较小鼠纹状体及视网膜在转录组水平的基因表达谱异同,探讨PD相关视网膜病理改变的潜在分子基础.对正常成年C57BL/6小鼠的纹状体和视网膜进行核糖体核糖核酸(ribosomal ribonucleic acid, rRNA)减除法建库、转录组测序和生物信息学分析,比较两者基因表达谱的异同,分析差异基因所富集的基因功能和信号通路.重点比较两者PD信号通路基因表达的异同,并构建相关基因互作网络.比较转录组学分析发现两者显著差异表达的基因共2 478个.其中,1 579个基因在纹状体中呈高表达;899个基因在视网膜中呈高表达.在纹状体中,高表达基因富集的功能和通路主要与信号转导及膜转运相关;而在视网膜中,则表现为与转录和光转导相关.PD信号通路有11个基因在纹状体高表达,而在视网膜呈现显著低表达,该通路中其他大多数基因则在两种组织间有相似的表达模式.研究结果揭示了小鼠纹状体和视网膜在转录组水平上的基因表达谱的异同,并探索了与PD相关视网膜病变的潜在分子基础.