ZTR: a new format for DNA sequence trace data
ZTR: a new format for DNA sequence trace data
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DOI：
10.1093/bioinformatics/18.1.3
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发表时间：
2002-01-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Staden, R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonfield, JK;Staden, R
动机：为 DNA 追踪数据生成一种开放且可扩展的文件格式，生成适合大规模存储和有效利用互联网带宽的紧凑文件。结果：我们创建了一种名为 ZTR 的可扩展格式。对于从 ABI-3700 获取的一组数据，ZTR 格式生成的跟踪文件需要 gzipped SCFv3 所用磁盘空间的 61.6%，并且可以以更快的速度写入和读取。用于迹线振幅的压缩算法在国家生物技术信息中心 (NCBI) 迹线档案中使用。
Motivation: To produce an open and extensible file format for DNA trace data which produces compact files suitable for large-scale storage and efficient use of internet bandwidth.Results: We have created an extensible format named ZTR. For a set of data taken from an ABI-3700 the ZTR format produces trace files which require 61.6% of the disk space used by gzipped SCFv3, and which can be written and read at greater speed. The compression algorithms used for the trace amplitudes are used within the National Center for Biotechnology Information (NCBI) trace archive.