RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes.
RNAmmer: consistent and rapid annotation of ribosomal RNA genes.
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DOI：
10.1093/nar/gkm160
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发表时间：
2007
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ussery DW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lagesen K;Hallin P;Rødland EA;Staerfeldt HH;Rognes T;Ussery DW
一个完整的基因组序列的公布通常伴随着对其基因的注释。与蛋白质编码基因相比，核糖体RNA(RRNA)基因的注释往往很差或不一致。这使得基于rRNA基因的比较研究变得困难。因此，我们创建了来自所有生命王国的主要rRNA物种的计算预测器，并将它们汇编到一个名为RNAmmer的程序中。该计划使用隐马尔可夫模型，该模型基于5S核糖体RNA数据库和欧洲核糖体RNA数据库项目的数据进行训练。预筛选步骤使方法速度快，灵敏度损失很小，能够在不到一分钟的时间内分析完整的细菌基因组。在一大组基因组上运行RNAmmer的结果表明，可以非常准确地预测rRNA的位置。在许多基因组中也预测到了新的、未注释的rRNA。该软件以及基因组分析结果可在哥伦比亚广播公司的网络服务器上获得。
The publication of a complete genome sequence is usually accompanied by annotations of its genes. In contrast to protein coding genes, genes for ribosomal RNA (rRNA) are often poorly or inconsistently annotated. This makes comparative studies based on rRNA genes difficult. We have therefore created computational predictors for the major rRNA species from all kingdoms of life and compiled them into a program called RNAmmer. The program uses hidden Markov models trained on data from the 5S ribosomal RNA database and the European ribosomal RNA database project. A pre-screening step makes the method fast with little loss of sensitivity, enabling the analysis of a complete bacterial genome in less than a minute. Results from running RNAmmer on a large set of genomes indicate that the location of rRNAs can be predicted with a very high level of accuracy. Novel, unannotated rRNAs are also predicted in many genomes. The software as well as the genome analysis results are available at the CBS web server.
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DOI：
10.1073/pnas.85.8.2444
发表时间：
1988-04-01
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LIPMAN, DJ