Glycal formation in crystals of uridine phosphorylase.
Glycal formation in crystals of uridine phosphorylase.
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DOI：
10.1021/bi902073b
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发表时间：
2010-04-27
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Ealick, Steven E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paul, Debamita;O'Leary, Scan E.;Rajashankar, Kanagalaghatta;Bu, Weiming;Toms, Angela;Settembre, Ethan C.;Sanders, Jennie M.;Begley, Tadhg P.;Ealick, Steven E.
尿苷磷酸化酶是嘧啶抢救途径中的关键酶。该酶催化尿苷的可逆磷酸化为尿嘧啶和核糖1-磷酸(或2‘-脱氧尿苷为2’-脱氧核糖1-磷酸)。本文报道了用5-氟尿苷和硫酸盐处理的六聚体大肠杆菌尿苷磷酸化酶和用5-氟-2‘-脱氧尿苷或尿苷加硫酸盐处理的二聚体牛尿苷磷酸化酶的结构。在每种情况下，电子密度都显示出三个独立的物种，分别对应于嘧啶碱、硫酸盐和一个核糖基物种，这可以被模拟为甘氨酸。在糖基络合物的结构中，氟尿嘧啶O2原子被适当地定位为通过C2‘上的去质子化形成糖基所需的碱。用2‘-脱氧尿苷和硫酸盐处理的牛尿苷磷酸化酶晶体显示完整的核苷。核磁共振时程研究表明，尿苷磷酸化酶在没有磷酸或硫酸盐的情况下，可以催化含氟核苷的水解，不会释放中间体，也不会失活。这些结果为有关酶催化糖键断裂形成糖醛的信息主体增加了一个以前未见过的基序。
Uridine phosphorylase is a key enzyme in the pyrimidine salvage pathway. This enzyme catalyzes the reversible phosphorolysis of uridine to uracil and ribose 1-phosphate (or 2′-deoxyuridine to 2′-deoxyribose 1-phosphate). Here we report the structure of hexameric Escherichia coli uridine phosphorylase treated with 5-fluorouridine and sulfate and dimeric bovine uridine phosphorylase treated with 5-fluoro-2′-deoxyuridine or uridine, plus sulfate. In each case the electron density shows three separate species corresponding to the pyrimidine base, sulfate and a ribosyl species, which can be modeled as a glycal. In the structures of the glycal complexes, the fluorouracil O2 atom is appropriately positioned to act as the base required for glycal formation via deprotonation at C2′. Crystals of bovine uridine phosphorylase treated with 2′-deoxyuridine and sulfate show intact nucleoside. NMR time course studies demonstrate that uridine phosphorylase can catalyze the hydrolysis of the fluorinated nucleosides in the absence of phosphate or sulfate, without the release of intermediates or enzyme inactivation. These results add a previously-unencountered motif to the body of information on glycal formation by enzymes catalyzing the cleavage of glycosyl bonds.
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影响因子：
--
作者：
Liu Q;Kriksunov IA;Jiang H;Graeff R;Lin H;Lee HC;Hao Q
通讯作者：
Hao Q
影响因子：
5.6
作者：
Caradoc-Davies, TT;Cutfield, SM;Cutfield, JF
通讯作者：
Cutfield, JF
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1016/s0006-291x(03)01062-3
发表时间：
2003-07-18
影响因子：
3.1
作者：
Johansson, M
通讯作者：
Johansson, M
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL