The in vivo measurement of replication fork velocity and pausing by lag-time analysis.
The in vivo measurement of replication fork velocity and pausing by lag-time analysis.
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DOI：
10.1038/s41467-023-37456-2
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发表时间：
2023-03-30
影响因子：
16.6
通讯作者：
Wiggins PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang D;Johnson AE;Sim BS;Lo TW;Merrikh H;Wiggins PA
理解中心法则的机械基础的一个重要步骤是定量表征活细胞中核酸结合分子马达的动力学。为了捕捉这些动态，我们开发了滞后时间分析，一种测量体内动态的方法。使用这种方法，我们提供了叉速度的定量位点特异性测量，单位为每秒的酶，以及复制体暂停持续时间，一些精度为秒。观察到测得的叉速度是位点和时间依赖性的，即使在野生型细胞中。在这项工作中，我们定量表征已知的现象，检测野生型细胞中核糖体DNA位点的短暂的，位点特异性的停顿，并观察三种高度不同的细菌物种的时间叉速度振荡。开发滞后时间分析以测量体内复制体动力学。所观察到的动力学是位点和细胞周期依赖性的：在野生型核糖体DNA位点观察到秒的停顿，以及时间叉速度振荡。
An important step towards understanding the mechanistic basis of the central dogma is the quantitative characterization of the dynamics of nucleic-acid-bound molecular motors in the context of the living cell. To capture these dynamics, we develop lag-time analysis, a method for measuring in vivo dynamics. Using this approach, we provide quantitative locus-specific measurements of fork velocity, in units of kilobases per second, as well as replisome pause durations, some with the precision of seconds. The measured fork velocity is observed to be both locus and time dependent, even in wild-type cells. In this work, we quantitatively characterize known phenomena, detect brief, locus-specific pauses at ribosomal DNA loci in wild-type cells, and observe temporal fork velocity oscillations in three highly-divergent bacterial species. Lag-time analysis was developed to measure in vivo replisome dynamics. Observed dynamics are both locus and cell-cycle dependent: Pauses of seconds are observed at wild-type ribosomal DNA loci, as well as temporal fork velocity oscillations.
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影响因子：
3.5
作者：
Dimude JU;Stein M;Andrzejewska EE;Khalifa MS;Gajdosova A;Retkute R;Skovgaard O;Rudolph CJ
通讯作者：
Rudolph CJ
影响因子：
10.5
作者：
Lang KS;Merrikh H
通讯作者：
Merrikh H
影响因子：
4.6
作者：
Galli, Elisa;Ferat, Jean-Luc;Possoz, Christophe
通讯作者：
Possoz, Christophe
DOI：
10.1073/pnas.1416651112
发表时间：
2015-03-10
影响因子：
11.1
作者：
Million-Weaver, Samuel;Samadpour, Ariana N.;Merrikh, Houra
通讯作者：
Merrikh, Houra
影响因子：
3.2
作者：
CHURCHWARD, G;BREMER, H
通讯作者：
BREMER, H