Detection of RNA‐protein interactions using a highly sensitive non‐radioactive electrophoretic mobility shift assay
Detection of RNA‐protein interactions using a highly sensitive non‐radioactive electrophoretic mobility shift assay
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使用高灵敏度非放射性电泳迁移率变动分析检测 RNA-蛋白质相互作用
DOI：
10.1002/elps.201800475
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
P. Hatzopoulos
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
G. Daras;Anastasios Alatzas;Dikran Tsitsekian;Dimitris Templalexis;Stamatis Rigas;P. Hatzopoulos
电泳迁移率变动分析（EMSA）是一种灵敏的技术，可用于鉴定和表征蛋白质与核酸的相互作用。该分析提供了一种有效的方法来研究DNA或RNA结合蛋白和鉴定核酸底物。这种特异性的相互作用在许多生物学过程中起着重要的作用，如转录、翻译、剪接和整体基因表达。在这篇文章中，我们修改了EMSA技术，并开发了一种非放射性的直接方法来研究和确定RNA-蛋白质相互作用。通过3 '-末端生物素化标记靶RNA并检测生物素与链霉亲和素缀合的辣根过氧化物酶的反应性是一种能够检测RNA-蛋白质复合物形成的高灵敏度方法。总的来说，我们提供了一个完整的技术指南，可用于确定体外RNA-蛋白质相互作用和分析RNA靶特异性。
Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) is a sensitive technique useful in the identification and characterization of protein interactors with nucleic acids. This assay provides an efficient method to study DNA or RNA binding proteins and to identify nucleic acid substrates. The specific interaction plays important roles in many biological processes such as transcription, translation, splicing, and global gene expression. In this article, we have modified the EMSA technique and developed a non‐radioactive straightforward method to study and determine RNA‐protein interactions. The labeling of target RNAs by 3'‐end biotinylation and the detection of biotin reactivity to streptavidin‐conjugated horseradish peroxidase is a highly sensitive approach capable to detect the formation of RNA‐protein complexes. Overall, we provide a complete technical guide useful to determine in vitro RNA‐protein interactions and analyze RNA target specificity.