treespace: Statistical exploration of landscapes of phylogenetic trees.
treespace: Statistical exploration of landscapes of phylogenetic trees.
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DOI：
10.1111/1755-0998.12676
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发表时间：
2017-11
影响因子：
7.7
通讯作者：
Colijn C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jombart T;Kendall M;Almagro-Garcia J;Colijn C
大的基因组数据集的日益增加的可用性以及贝叶斯遗传学的出现促进了系统发育不一致的调查，这可能导致不可能使用单一的树来表示系统发育关系。虽然有时被认为是一个讨厌的，系统发育不一致也可以反映有意义的生物过程以及相关的统计不确定性，这两者都可以在进化研究中产生有价值的见解。我们介绍了一种新的工具，通过探索系统发育树景观调查系统发育不一致。我们的方法在R包树空间中实现，结合了树度量和多变量分析，以提供一组树中拓扑变化的低维表示，可用于识别相似树的聚类和组特定的共识聚类。treespace还为交互式数据分析提供了一个用户友好的Web界面，并与遗传学的现有标准相结合。它填补了目前R中的遗传学工具箱中的空白，并将促进系统发育结果的调查。
The increasing availability of large genomic data sets as well as the advent of Bayesian phylogenetics facilitates the investigation of phylogenetic incongruence, which can result in the impossibility of representing phylogenetic relationships using a single tree. While sometimes considered as a nuisance, phylogenetic incongruence can also reflect meaningful biological processes as well as relevant statistical uncertainty, both of which can yield valuable insights in evolutionary studies. We introduce a new tool for investigating phylogenetic incongruence through the exploration of phylogenetic tree landscapes. Our approach, implemented in the R package treespace, combines tree metrics and multivariate analysis to provide low‐dimensional representations of the topological variability in a set of trees, which can be used for identifying clusters of similar trees and group‐specific consensus phylogenies. treespace also provides a user‐friendly web interface for interactive data analysis and is integrated alongside existing standards for phylogenetics. It fills a gap in the current phylogenetics toolbox in R and will facilitate the investigation of phylogenetic results.
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影响因子：
6.5
作者：
Anisimova M;Gil M;Dufayard JF;Dessimoz C;Gascuel O
通讯作者：
Gascuel O
影响因子：
1.1
作者：
Hein, J;Jiang, T;Zhang, KZ
通讯作者：
Zhang, KZ
影响因子：
1.4
作者：
Holmes, S
通讯作者：
Holmes, S
DOI：
10.2307/2413326
发表时间：
1985-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
ESTABROOK, GF;MCMORRIS, FR;MEACHAM, CA
通讯作者：
MEACHAM, CA
影响因子：
7
作者：
Holden MT;Hsu LY;Kurt K;Weinert LA;Mather AE;Harris SR;Strommenger B;Layer F;Witte W;de Lencastre H;Skov R;Westh H;Zemlicková H;Coombs G;Kearns AM;Hill RL;Edgeworth J;Gould I;Gant V;Cooke J;Edwards GF;McAdam PR;Templeton KE;McCann A;Zhou Z;Castillo-Ramírez S;Feil EJ;Hudson LO;Enright MC;Balloux F;Aanensen DM;Spratt BG;Fitzgerald JR;Parkhill J;Achtman M;Bentley SD;Nübel U
通讯作者：
Nübel U