Genome-Wide SNP Discovery and Analysis of Genetic Diversity in Farmed Sika Deer (Cervus nippon) in Northeast China Using Double-Digest Restriction Site-Associated DNA Sequencing.
Genome-Wide SNP Discovery and Analysis of Genetic Diversity in Farmed Sika Deer (Cervus nippon) in Northeast China Using Double-Digest Restriction Site-Associated DNA Sequencing.
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利用双酶切限制性位点相关 DNA 测序技术发现中国东北地区养殖梅花鹿 (Cervus nippon) 的全基因组 SNP 和遗传多样性分析
DOI：
10.1534/g3.117.300082
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发表时间：
2017-09-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Li C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ba H;Jia B;Wang G;Yang Y;Kedem G;Li C
梅花鹿因其在中药中的用途而成为一种具有经济价值的物种，尤其是它们的鹿角。我国东北地区梅花鹿多采用圈养。因此，养殖梅花鹿的遗传管理将受益于对其遗传多样性的详细了解。在这项研究中，我们使用双消化限制性位点相关 DNA 测序 (ddRAD-seq) 在 42 个不相关的个体中生成了超过 14.5 亿个高质量双端读数 (288 Gbp)。平均测序深度为 23×，共鉴定出 96,188 个（29.63%）假定的双等位基因 SNP 位点。根据分析，我们发现大多数位点存在杂合子缺陷（FIS > 0）和Hobs值较低，这可能是由于近交和Wahlund效应造成的。我们还开发了一系列高质量的 SNP 探针，这些探针将来可能会在鹿科动物基因分型的各种应用中发挥作用。
Sika deer are an economically valuable species owing to their use in traditional Chinese medicine, particularly their velvet antlers. Sika deer in northeast China are mostly farmed in enclosure. Therefore, genetic management of farmed sika deer would benefit from detailed knowledge of their genetic diversity. In this study, we generated over 1.45 billion high-quality paired-end reads (288 Gbp) across 42 unrelated individuals using double-digest restriction site-associated DNA sequencing (ddRAD-seq). A total of 96,188 (29.63%) putative biallelic SNP loci were identified with an average sequencing depth of 23×. Based on the analysis, we found that the majority of the loci had a deficit of heterozygotes (FIS >0) and low values of Hobs, which could be due to inbreeding and Wahlund effects. We also developed a collection of high-quality SNP probes that will likely be useful in a variety of applications in genotyping for cervid species in the future.
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