Copy number variation analysis in Chinese children with complete atrioventricular canal and single ventricle.
Copy number variation analysis in Chinese children with complete atrioventricular canal and single ventricle.
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中国完整房室管单心室儿童拷贝数变异分析
DOI：
10.1186/s12920-021-01090-y
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发表时间：
2021-10-09
影响因子：
2.7
通讯作者：
Zhang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Wang B;You G;Xiang Y;Fu Q;Yu Y;Zhang X
背景先天性心脏病（CHD）是最常见的出生缺陷之一。拷贝数变异（CNV）已被证明是导致冠心病的重要遗传因素。由于针对这两种类型的先心病的研究很少，我们在中国的完全性房室管（CAVC）和单心室（SV）儿童中筛查了全基因组CNV。方法我们使用定制的SNP阵列分别筛查了262例散发性CAVC病例和259例散发性SV病例中的CNV。使用可用数据库对检测到的 CNV 进行注释和过滤。结果在 262 名 CAVC 患者中，我们在 43 名患者中确定了 6 种潜在致病 CNV（16.41%，43/262），其中包括 2 种与综合征相关的 CNV（7q11.23 和 8q24.3 缺失）。令人惊讶的是，90.70% 检测到 CNV 的 CAVC 患者 (39/43) 被发现携带 21q11.2–21q22.3 重复，这被认为是 21 三体性（唐氏综合症，DS）。 CAVC合并DS患者中，女性与男性的比例为1.6：1.0（24：15），肺动脉高压（PH）发生率为41.03%（16/39）。此外，在 SV 患者中发现了 6 个潜在致病 CNV（2.32%，6/259），并且没有一个是 21 三体性。在我们的队列中发现的大多数 CNV 被归类为罕见（< 1%），除了 CAVC 队列中的 21q11.2–21q22.3 重复（14.89%）外，在 CAVC 或 SV 个体中仅发生一次。结论我们的研究发现 262 名 CAVC 和 259 名 SV 患者中存在 12 种潜在致病 CNV，代表了中国人群中这两种 CHD 类型的最大队列。结果表明 CAVC 和 DS 之间具有很强的相关性，也显示出性别差异和 PH 的高发生率。潜在致病 CNV 的存在表明复杂 CHD 的病因极其多样，并且 CHD 候选基因仍有待发现。
BackgroundCongenital heart disease (CHD) is one of the most common birth defects. Copy number variations (CNVs) have been proved to be important genetic factors that contribute to CHD. Here we screened genome-wide CNVs in Chinese children with complete atrioventricular canal (CAVC) and single ventricle (SV), since there were scarce researches dedicated to these two types of CHD.MethodsWe screened CNVs in 262 sporadic CAVC cases and 259 sporadic SV cases respectively, using a customized SNP array. The detected CNVs were annotated and filtered using available databases.ResultsAmong 262 CAVC patients, we identified 6 potentially-causative CNVs in 43 individuals (16.41%, 43/262), including 2 syndrome-related CNVs (7q11.23 and 8q24.3 deletion). Surprisingly, 90.70% CAVC patients with detected CNVs (39/43) were found to carry duplications of 21q11.2–21q22.3, which were recognized as trisomy 21 (Down syndrome, DS). In CAVC with DS patients, the female to male ratio was 1.6:1.0 (24:15), and the rate of pulmonary hypertension (PH) was 41.03% (16/39). Additionally, 6 potentially-causative CNVs were identified in the SV patients (2.32%, 6/259), and none of them was trisomy 21. Most CNVs identified in our cohort were classified as rare (< 1%), occurring just once among CAVC or SV individuals except the 21q11.2–21q22.3 duplication (14.89%) in CAVC cohort.ConclusionsOur study identified 12 potentially-causative CNVs in 262 CAVC and 259 SV patients, representing the largest cohort of these two CHD types in Chinese population. The results provided strong correlation between CAVC and DS, which also showed sex difference and high incidence of PH. The presence of potentially-causative CNVs suggests the etiology of complex CHD is incredibly diverse, and CHD candidate genes remain to be discovered.
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影响因子：
3.7
作者：
Deng X;Zhou J;Li FF;Yan P;Zhao EY;Hao L;Yu KJ;Liu SL
通讯作者：
Liu SL
影响因子：
14.9
作者：
Bluhm, Alina;Viceconte, Nikenza;Butter, Falk
通讯作者：
Butter, Falk
影响因子：
56.9
作者：
Gifford, Casey A.;Ranade, Sanjeev S.;Srivastava, Deepak
通讯作者：
Srivastava, Deepak
DOI：
10.1002/ajmg.c.31765
发表时间：
2020-03
期刊：
American journal of medical genetics. Part C, Seminars in medical genetics
影响因子：
--
作者：
Linglart L;Gelb BD
通讯作者：
Gelb BD
影响因子：
5.2
作者：
Digilio, Maria Cristina;Lepri, Francesca Romana;Dallapiccola, Bruno
通讯作者：
Dallapiccola, Bruno